Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5 Ergebnisse
der TCF21 3’-UTR an mRNA Position 1058 und damit direkt innerhalb der Bindestelle für die
miR-224 lokalisiert. Wie im Folgenden näher gezeigt, weist die TCF21 C-Variante einen C-G
match zur miR-224 an der Position 4 ausgehend vom 5’-Ende der miRNA auf. Die TCF21
G-Variante hingegen ist an selbiger Position durch einen G-G mismatch gekennzeichnet.
5.8.2 Bindungsenergien
Die Bindungsenergien der TCF21-miR-224-Interaktionen (beider TCF21-Varianten mit beiden
miR-224-Varianten) sind mittels RNAHybrid berechnet worden und in der Abb. 5.33
dargestellt.
5′ N N N
5′ N N N
3′
U
U
TCF21 C
TCF21 G
G
G
C U C
5′ N N N C U C
G C
G C
U U U G
U U U G
A G
G
A G A
A G
G
A G A
1042
A C
1042
A C
U
U
U
U
U
C
C
G
U
C
A
C
G A
G
G
U
C
U
C
G
U
G
U G
G
A
A
A
5′
miR-224
A
C
5′
A C
A C
U
guide
G U
ΔG = -20,8 kcal/mol
U
ΔG = -16,9 kcal/mol
U
C
C
N
N
N
N
3′
rs12190287
N 3′ TCF21 3′
rs12190287 N 3′
U
1061
U
1061
mRNA
U
U
G
G
C U
5′ N N N C U
C
C
C
G C
G
U
U
U U G
U U G
G
A G
G
A G A G
A G A
A
1042
A
1042
A
C
C
U
U
U
U
U
C
U
C
C
G
C
G A
A
G
G
U
C
U
C C
G
U
G
U A
A
C
A
A
miR-224_SNP
A
G
A C 5′
C
C 5′ guide
U
ΔG = -15,8 kcal/mol
ΔG = -20,8 kcal/mol
U
U U C
N C
N TCF21
N
N 3′
mRNA
N
rs12190287
1061
N 3′
rs12190287
1061
3′
U
U
miR-224
guide
TCF21
mRNA
miR-224_SNP
guide
Abbildung 5.33: Lokale Bindungsenergien zwischen TCF21 rs12190287- und miR-224-Varianten.
Spaltenweise Darstellung der Ergebnisse für die TCF21-Varianten (C links, G rechts) und zeilenweise
die Unterteilung nach den miR-224-Varianten (oben: miR-224, unten: miR-224_SNP).
TCF21
mRNA
Die Bindungsenergien der TCF21 C-miR-224- sowie der TCF21 G-miR-224_SNP-Interaktion
entsprechen einander (∆G = -20,8 kcal/mol). Dies lässt sich mit dem Vorhandensein
eines G-C Basenpaares zwischen mRNA und miRNA an den SNP-Positionen erklären.
Betrachtet man jedoch die Auswirkungen der Einführung eines mismatches im seed Bereich,
sind die Bindungsenergien beider TCF21-Varianten reduziert. Dabei ist in Relation zur
TCF21 G-miR-224-Interaktion für den mismatch zwischen TCF21 C und miR-224_SNP ein
größerer Energieverlust zu verzeichnen (∆∆G TCF21 C = + 5 kcal/mol, ∆∆G TCF21 G = +3,9
kcal/mol). Für die Bindung zwischen TCF21 C und miR-224_SNP zeigt sich zudem eine
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