Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

A.5 Abbildungsverzeichnis
5.15 Lokale Bindungsenergien zwischen ESR1 rs9341070- und miR-122-Varianten 77
5.16 ESR1 Luciferase-Reportertranskripte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
5.17 Hemmung der kurzen und langen ESR1 Reporter durch verschiedene miRNA
Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
5.18 Komplementarität der ESR1-Varianten mit siESR1 C und siESR1 U . . . . . 80
5.19 Unterschiedliche Hemmung der kurzen und langen ESR1-Reporter durch
siRNAs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
5.20 Minimale Unterschiede in der Strukturvorhersage der ESR1-Varianten . . . . 82
5.21 Strukturprobing der ESR1-Varianten deutet nicht auf strukturelle Unterschiede
hin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
5.22 Schematische Darstellung der MRAS mRNA mit der Lage des SNPs und den
miR-195 und miR-135 Bindestellen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
5.23 Lokale Bindungsenergien von MRAS 3’-UTR mit der miR-195 bzw. miR-135a 91
5.24 MRAS Strukturvorhersage weist auf SNP-induzierte Unterschiede hin . . . . 93
5.25 Generierung des Gesamtlänge MRAS 3’-UTR-Inserts über Teilfragmente . . 94
5.26 Differentielle Regulation der MRAS-Varianten durch miR-195 und miR-135a . 95
5.27 Schematische Darstellung der Positionierung der MRAS Probing-Primer . . . 95
5.28 Strukturprobing der MRAS 3’-UTR in vitro Transkript-Varianten zeigt unterschiedliche
Spaltmuster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
5.29 Untersuchung der zeitabhängigen Komplexbildung der MRAS 3’-UTR-Varianten
mit miR-195 und miR-135a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
5.30 DHFR mRNA mit Lokalisation des SNPs rs34764978 und der miR-24 Bindestellen
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
5.31 SNPs in der DHFR 3’-UTR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
5.32 Lokalisation des SNPs rs12190287 innerhalb der miR-224 Bindestelle in der
TCF21 mRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
5.33 Lokale Bindungsenergien zwischen TCF21 rs12190287- und miR-224-Varianten106
5.34 Prozentualer Anteil des jeweiligen Strukturkontextes der TCF21 SNP-Varianten
gruppiert nach Fenstergröße dargestellt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
5.35 Vorhersage SNP-korrelierte Sekundärstrukturunterschiede zwischen den
TCF21-Varianten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
5.36 Generierung des Gesamtlänge TCF21 3’-UTR-Inserts über Teilfragmente . . 109
5.37 Generierung des verkürzten TCF21 3’-UTR-Inserts . . . . . . . . . . . . . . . 110
5.38 Versuchsablauf zur Untersuchung der miRNA-vermittelten Regulation von
TCF21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
5.39 Primer zur Allel-spezifischen Amplifikation der TCF21-Varianten . . . . . . . 111
5.40 Allel-spezifische Amplifikation der TCF21-Varianten . . . . . . . . . . . . . . 112
5.41 qPCR-Standardkurven zur Berechnung der TCF21-Transkriptmenge . . . . . 113
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