Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

6 Diskussion
gewähren. So sind bereits Zusammenhänge zwischen der Kinetik derartiger Wechselwirkung
und der biologischen Aktivität von antisense RNAs in Prokaryoten [179, 180] oder
siRNAs in Eukaryoten [130] beschrieben. Die Annealing-Analysen erfolgten zum Teil in
Anwesenheit des quaternären Ammoniumsalzes CTAB, das ähnliche funktionelle Domänen
zum hnRNP-Protein A1 aufweist [127] und somit eine Beschleunigung des RNA-RNA-
Annealings bewirkt.
In allen durchgeführten Annealing-Experimenten wurden die in vitro Transkripte stets im
Überschuss eingesetzt (mit CTAB: 10-fach, ohne CTAB: 50 bzw. 100-fach). Dennoch war keine
100 %-ige Bindung der miRNA/siRNA guide Stränge zu verzeichnen. Dies lässt vermuten,
dass möglicherweise unterschiedliche RNA-Konformere vorliegen, die keine einheitliche
Bindungskompetenz für die entsprechende miRNA bzw. siRNA aufweisen. Die Unterschiede
in der Komplexbildung der verschiedenen SNP-Varianten zeigen jedoch, dass sich deren
Anteil an bindungskompetenten RNA-Konformeren unterscheidet. Dies liefert einen weiteren
Hinweis darauf, dass strukturelle Unterschiede zwischen den Varianten bestehen.
Weiterhin zeigen die TCF21-Daten, dass unterschiedliche in vitro Transkript-Präparationen
zu einer quantitativ differenzierten Komplexbildung führen können (vgl. Abb. 5.50 und
Abb. 5.54). Es ist vorstellbar, dass minimale Unterschiede in den Versuchsbedingungen der
in vitro Transkription die RNA-Faltung bereits während der Transkription beeinflussen können.
Dies können wiederum dazu beitragen, dass unterschiedliche Anteile an bindungskompetenten
RNA-Konformeren vorliegen. Derartige Unterschiede sind ebenfalls für die in vivo
Transkription der Ziel-RNA denkbar und können so die miRNA-Ziel-RNA Interaktion beeinflussen.
Die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit zeigen, dass Versuche zum RNA-RNA-Annealing
eine Möglichkeit darstellen, die mRNAs polymorpher Ziel-Gen Sequenzen auf eine differentielle
RNA-RNA-Wechselwirkung mit miRNA bzw. siRNA guide Strängen zu untersuchen.
Im Folgenden wird auf das Annealing partiell sowie vollständig komplementärer RNAs im
Einzelnen näher eingegangen.
6.4.1 miRNA-RNA-Komplexe als Modell des Annealings partiell
komplementärer RNAs
Die Experimente zur Annealing-Kinetik des jeweiligen miRNA guide Stranges an die Ziel-
Gen 3’-UTR in vitro Transkripte ergaben differentielle Ergebnisse für die unterschiedlichen
Testsysteme. Eine Komplexbildung konnte für die MRAS 3’-UTR mit der miR-195 sowie die
TCF21 3’-UTR mit der miR-224, nicht jedoch für die AGTR1-miR-155 bzw. MRAS-miR-135a
Interaktion detektiert werden. Eine vergleichende Betrachtung der Thermodynamik der jeweiligen
Bindung, also der Bindungsenergien zwischen beiden RNAs, legt nahe, dass diese
entscheidend für die Detektion derartiger Komplexe sein kann. Dennoch weisen die Ergebnisse
des Annealings beider TCF21-Varianten darauf hin, dass trotz identischer Bin-
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