Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.7 Untersuchungen im DHFR-System
5′-UTR
CDS
3′-UTR
rs34764978
1057 1279 3932
5′
3′
1
AUG
493
stop
1054 miR-24
BS 1
1241-1265
miR-24
BS 2
2188-2209
miR-24
BS 3
2683-2704
miR-24
BS 4
3134-3155
Mishra et al.
2007
TargetScan
2011
microRNA.org
2011
Abbildung 5.30: DHFR mRNA mit Lokalisation des SNPs rs34764978 und der miR-24 Bindestellen.
Dargestellt ist die DHFR mRNA mit ihrer 5’-UTR, CDS und 3’-UTR. Die miR-24 Bindestelle (BS) 1
wurde in der Arbeit von Mishra et al. beschrieben. Die Bindestellen 2, 3 und 4 wurden mit Hilfe des
Online-Tool microRNA.org, die 2. Bindestelle mittels TargetScan vorhergesagt. Blau gestrichelt ist der
von Mishra et al. verwendete DHFR mRNA Abschnitt gekennzeichnet.
5.7.3 Sekundärstrukturvorhersage
Mittels Sekundärstrukturvorhersage wurden in silico Untersuchungen des Einflusses des
SNPs rs34764978 auf die lokale Struktur um die miR-24 Bindestellen durchgeführt. Die
Tab. 5.14 zeigt die Ergebnisse der mfold-Analyse unter Bezug auf die in Abb. 5.30 gezeigte
miR-24 Bindestelle 1.
Tabelle 5.14: Ergebnisse der DHFR Sekundärstrukturvorhersage der miR-24 Bindestelle 1.
Strukturkontext um
miR-24 Bindestelle
DHFR C
DHFR U
Loop 32 66
Junction 74 22
Stem 91 96
andere 3 16
Summe analysierter Strukturen 200 200
Mit den Vorhersage-Ergebnissen von jeweils 200 Sekundärstrukturen der miR-24 Bindestelle
1 lassen sich statistisch Ähnlichkeiten ableiten, jedoch weist ein Teil der vorgenannten
Strukturen Unterschiede zwischen beiden RNA-Varianten auf. In etwa der Hälfte der jeweiligen
DHFR C- und U-Strukturen ist die miR-24 Bindestelle 1 in einem Stem lokalisiert. Die
Häufigkeit des Auftretens des besagten RNA-Abschnittes innerhalb eines Loop bzw. einer
Junction ist für beide DHFR-Varianten unterschiedlich. So liegt die DHFR C-Variante häufiger
innerhalb eines Loops, die U-Varianten hingegen öfter in einer Junction vor.
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