Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.3 Untersuchungen im AGTR1-System
trotz des mismatches zur siAGTR1 A ist die Hemmung annähernd vergleichbar ausgeprägt.
Im Falle des AGTR1 3’-UTR A-Reporters bewirkt der mismatch zur siAGTR1 C eine deutliche
Verringerung der siRNA-vermittelten Repression gegenüber der 100 % komplementären
siAGTR1 A (55 vs. 78 %).
Die unterschiedlichen Repressions-Niveaus können nicht mit den Bindungsenergien zwischen
Ziel-RNA und siRNA (siehe Abb. 5.7) erklärt werden. Ferner kann aus den vorliegenden
Ergebnissen geschlussfolgert werden, dass die siAGTR1 Erkennungsstelle (= identisch
zur Lage der miR-155 Bindestelle) der AGTR1 C-Variante zugänglicher für siRNAs ist.
Die diskutierten Unterschiede zwischen den kurzen und langen Konstrukten zeigen, dass
die lokale Sekundärstruktur auch für die siRNA-vermittelten Hemmung von AGTR1 eine bedeutende
Rolle spielt, und in diesem Fall die längere, authentischere AGTR1 3’-UTR Sequenz
zu einer gesteigerten Repression führt. Somit unterstützen diese Daten die Hypothese,
dass der SNP mit einer relevanten Änderung der Sekundärstruktur der AGTR1 mRNA
korreliert sein kann, und dies zu Unterschieden in der miRNA- und siRNA-vermittelten Regulation
der beiden AGTR1-Varianten beiträgt.
5.3.6 Sekundärstrukturvorhersage
Die Untersuchungen zur miRNA- und siRNA-vermittelten Hemmung der kurzen und langen
AGTR1 Reporter-Konstrukte zeigen Unterschiede auf, die auf eine regulatorische Bedeutung
der AGTR1 Sekundärstruktur schließen lassen. Daher wurde eine systematische
Vorhersage der allelischen AGTR1 Sekundärstrukturen mittels mfold durchgeführt (siehe
Abschnitt 4.4.1). Es wurden Strukturen aus 400, 800 oder 1400 nt langen AGTR1 Sequenzabschnitten
berechnet und insgesamt 200 Strukturen ausgewertet (siehe Tab. 5.3).
Tabelle 5.3: Ergebnisse der AGTR1 Sekundärstrukturvorhersage.
SNP-Position AGTR1 A AGTR1 C
gepaart 195 0
ungepaart 5 200
Summe analysierter Strukturen 200 200
Strukturkontext des SNP
Stem 195 0
Loop 5 163
Bulge 0 37
In 97,5 % der 200 für die AGTR1 rs5186 A-Variante analysierten Strukturen lag das Adenin
an der SNP-Position (1612) gepaart vor. Dem gegenüber konnte in keiner der für die AGTR1
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