Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5 Ergebnisse
Die Ergebnisse der Analyse von 50 vorhergesagten Strukturen der Umgebung der miR-24
Bindestelle 2 (etwa 900 nt stromabwärts vom SNP gelegen) in Abhängigkeit der jeweiligen
SNP-Variante sind in Tab. 5.15 aufgelistet. Der Großteil der berechneten Strukturen der
DHFR-Varianten weisen keine strukturellen Unterschiede an den RNA-Positionen, die der
der miR-24 Bindestelle 2 entsprechen, auf. Nur in vier der 50 verglichenen Strukturen weisen
die DHFR-Sekundärstrukturen entsprechende Unterschiede an der miR-24 Bindestelle
2 auf.
Tabelle 5.15: Ergebnisse der DHFR Sekundärstrukturvorhersage der miR-24 Bindestelle 2.
Strukturkontext um
miR-24 Bindestelle
DHFR C
DHFR U
Loop 29 25
Junction 1 5
Stem 15 15
Summe analysierter Strukturen 50 50
Aufgrund ihrer großen Entfernung vom SNP war eine Vorhersage der Struktur in der Umgebung
der miR-24 Bindestellen 3 und 4 in Abhängigkeit der rs34764978-Variante mit einer
maximalen mfold-Fenstergröße von 1400 nicht möglich. Die Ergebnisse der näher am
SNP lokalisierten miR-24 Bindestelle 2 lassen jedoch vermuten, dass auch an den Positionen
der miR-24 Bindestellen 3 und 4 die lokale Sekundärstruktur vom Auftreten des SNPs
rs34764978 weitestgehend unbeeinflusst bleibt.
5.7.4 Sequenzanalyse der DHFR 3’-UTR
Eine nähere Analyse der DHFR mRNA-Sequenz im September 2011 ergab, dass laut NCBI
dbSNP Datenbank 17 bereits 418 SNPs für den Genabschnitt des humanen DHFR-Gens beschrieben
sind. Im März 2012 waren es bereits 667. Die Positionen der in der DHFR 3’-UTR
lokalisierten SNPs sind der Abb. 5.31 zu entnehmen. Die SNPs rs1643630 und rs11112 sind
direkt innerhalb, eine Vielzahl der verbleibenen SNPs in unmittelbarer Umgebung einer der
vier miR-24 Bindestellen lokalisiert.
17 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp
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