Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.7 Untersuchungen im DHFR-System
DHFR 3′-UTR
5′
rs34764978
rs7387
rs1129242
rs1129240
rs1129243
rs11550953
rs190293 rs11550956
rs1063122 rs1650721 rs11112
rs1650720
rs1643630
rs14435
rs1053136
miR-24 BS
3′
Abbildung 5.31: SNPs in der DHFR 3’-UTR. Dargestellt ist die DHFR 3’-UTR mit den bereits beschriebenen
SNPs (Stand: September 2011).
5.7.5 Zusammenfassung und Fazit der DHFR-Analysen
Der SNP rs34764978 (C/T Polymorphismus) ist innerhalb der DHFR 3’-UTR 14 nt stromabwärts
einer miR-24 Bindestelle lokalisiert. Die DHFR 3’-UTR ist mit fast 3 kb sehr lang und
enthält stromabwärts vom SNP noch drei weitere potentielle miR-24 Bindestellen. Mishra
et al. [149] konnten zeigen, dass das Vorhandensein der DHFR mRNA-Variante U zu einer
verminderten miR-24 vermittelten Repression und einem damit einhergehenden Anstieg der
DHFR Proteinmenge führt. Werden sowohl der SNP als auch die in unmittelbarer Nähe befindliche
miR-24 Bindestelle näher betrachtet, so erscheint das mechanistische Modell der
SNP-induzierten Strukturänderung vorab geeignet, um die von Mishra et al. beschriebenen
Unterschiede der miR-24-vermittelten Regulation zwischen den DHFR-Varianten detaillierter
zu erklären. Besonders vor dem Hintergrund, dass die publizierte Studie mit rekombinanten
DHFR mRNAs durchgeführt wurde, deren 3’-UTR-Bereich nur die miR-24 Bindestelle 1 einschließt
und für diese mittels mfold-Analyse strukturelle Unterschiede beobachtet wurden.
Für den Sequenzabschnitt der gesamten DHFR 3’-UTR wurden weiterhin bereits eine Vielzahl
von SNPs beschrieben (NCBI dbSNP-Datenbank). Dementsprechend ergibt sich aus
den Kombinationen dieser auch eine Vielzahl unterschiedlicher DHFR mRNA Sequenzen.
Geht man davon aus, dass jeder SNP mit einer potentiellen Änderung der DHFR-Sekundärstruktur
einher gehen kann, so gestaltet sich sowohl deren differenzierte in silico Strukturvorhersage
als auch in vitro Strukturanalyse sehr schwierig. Es ist grundsätzlich denkbar,
dass SNP-induzierte Strukturänderungen in relevanten Arealen der gesamten 3’-UTR die
Zugänglichkeit für die miR-24 nachhaltig beeinflussen.
Das Vorliegen der großen Anzahl SNPs und der vier miR-24 Bindestellen über die gesamte
3’-UTR und die damit verbundene Komplexität der notwendigen Untersuchungen zur
Analyse der miR-24-Interaktionen mit der gesamten DHFR 3’-UTR haben zu der Entscheidung
geführt, im Rahmen dieser Arbeit keine weiteren experimentellen Analysen im DHFR-
System vorzunehmen.
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