Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

1800
5 Ergebnisse
rs5186 C-Variante vorhergesagten Strukturen eine Basenpaarung an der SNP-Position beobachtet
werden. In 81,5 % der C Strukturen wurde die SNP-Position in einem wie in der
Abb. 5.9 veranschaulichten Loop lokalisiert. In den verbleibenden C Strukturen konnte die
SNP-Position in einem Bulge lokalisiert werden. Die Positionierung innerhalb eines Loops
wurde nur für 2,5 % der AGTR1 A Strukturen und diese nur unter Verwendung einer Fenstergröße
von ausschließlich 400 vorhergesagt. Der Betrag der vorhergesagten freien Energie
aller untersuchten Strukturen fiel für die A Variante geringer aus (∆∆G = 0,5 - 3,5 kcal/mol).
Dies lässt vermuten, dass das AGTR1 A Transkript im gefalteten Zustand eine energetisch
stabilere Konformation einnimmt.
Die Abb. 5.9 zeigt beispielhaft für die AGTR1 rs5186 Varianten A and C einen Ausschnitt
der vorhergesagten Sekundärstrukturen von mRNA Position 1525 bis 1800. Beide weisen
global ähnliche Strukturen zwischen den Positionen 1525-1597 und 1754-1800 auf. Dennoch
werden lokale Unterschiede zwischen den AGTR1 A und AGTR1 C Strukturen deutlich. Die
SNP-Position der AGTR1 A Variante ist in einer intramolekularen Doppel-Helix lokalisiert,
die der C-Variante dagegen wurde in einem kleinen Hairpin-Loop vorhergesagt.
AGTR1 A
1625
1575
A
1550
1600
1650
1675
1700
1525
1750
1725
1800
AGTR1 C
1675
1775
1575
1600
C
1625
1650
1700
1725
1550
1525
1750
1775
Abbildung 5.9: Die AGTR1 Strukturvorhersage weist auf Unterschiede zwischen den SNP-Varianten
hin. Für die beiden rs5186 AGTR1-Varianten wurde mittels mfold die Sekundärstruktur vorhergesagt.
Die Grafik zeigt beispielhaft die Strukturvorhersage der AGTR1 A (oben) und AGTR1 C (unten) mRNA
von Position 1525-1800. Die SNP-Position ist durch Pfeile markiert. Es zeigen sich global ähnliche
Strukturen jedoch lokale Unterschiede in der SNP-Region (grau hinterlegt).
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