Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.8 Untersuchungen im TCF21-System
deutliche Änderung in der berechneten Struktur der RNA-RNA-Interaktion im 5’-Bereich der
miRNA. Der C-C mismatch an der SNP-Position führt dazu, dass in der berechneten Struktur
des RNA-miRNA-Duplex sich die beiden Basenpaare an Position 2 und 3 ausgehend vom
5’-Ende der miRNA nicht mehr ausbilden.
5.8.3 Sekundärstrukturvorhersage
Für die systematische Vorhersage der Faltung der TCF21 rs12190287-Varianten wurden
Sekundärstrukturen der TCF21 RNA mit verschiedenen Fenstergrößen (100, 200, 400 und
800) berechnet. Die Auswertung von insgesamt 180 analysierten Strukturen jeder TCF21-
Variante ist in der nachstehenden Tabelle aufgelistet.
Tabelle 5.16: Ergebnisse der TCF21 Sekundärstrukturvorhersage.
SNP Position TCF21 C TCF21 G
gepaart 1 119
ungepaart 179 61
Summe analysierter Strukturen 180 180
Strukturkontext des SNP
Stem 1 119
Loop 141 50
Bulge 38 11
Die vorhergesagten Strukturen der TCF21-Varianten weisen auf deutliche Unterschiede
bezüglich der Lokalisation des SNPs hin. Während die SNP-Position der TCF21 C-Variante
hauptsächlich ungepaart vorliegt, befindet sich das G vornehmlich in einem gepaarten Zustand.
Eine detailliertere Betrachtung ergibt, dass die Umgebung des SNPs und der miR-224
Bindestelle der TCF21 C-Variante überwiegend innerhalb eines Loops vorhergesagt wird
(78 %). Dem gegenüber steht die mehrheitliche Positionierung der SNP-Position der TCF21
G-Variante innerhalb eines Stems (66 % vs. 28 % Loop).
Die Abb. 5.34 zeigt nachstehend die separate Darstellung der Ergebnisse für die Vorhersage
der einzelnen Fenstergrößen. Die für beide TCF21-Varianten spezifischen Strukturelemente
in der Umgebung des SNPs bzw. der miR-224 Bindestelle waren mit allen vier
Fenstergrößen zu beobachten. Weiterhin sind bereits für sehr kurze RNA-Ausschnitten die
markanten Strukturelemente zu beobachten. Für die TCF21 C-Variante kann formuliert werden,
je größer der betrachtete RNA-Ausschnitt desto höher ist auch der Anteil an Strukturen,
in denen der SNP in einem Loop lokalisiert ist: Ab einer Länge von 200 Basen ergab die
mfold-Analyse die mehrheitliche Vorhersage des SNPs der TCF21 C-Variante in einem Loop
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