Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

6 Diskussion
gleich bedeutsam für jede Ziel-RNA sind. Damit sind auch die Unterschiede in der Hemmung
der kurzen und langen AGTR1 und ESR1 Reporter durch die entsprechenden siRNAs zu erklären.
Die Reporter enthalten die identischen siRNA Erkennungsstellen jedoch in einem
unterschiedlichen Sequenzkontext (kurz: firefly Luciferase, lang: AGTR1 bzw. ESR1 3’-UTR)
und weisen deutliche Unterschiede in der siRNA-vermittelten Repression auf. Während die
AGTR1 3’-UTR Reporter im Vergleich zu den kurzen Reportern deutlich stäker gehemmt
werden, sind die kurzen im Vergleich zu den langen ESR1 Reportergenen besser durch
siRNAs hemmbar.
Die Ergebnisse der siRNA Reporter-Assays zeigen ferner, dass ein mismatch zwischen
Ziel-RNA und siRNA die siRNA-vermittelte Suppression z.T. sehr deutlich beeinflussen kann
(siehe Abb. 5.8 und 5.46). In einer Studie von Schwarz et al. [181] zum Design von siRNAs,
die zwischen Genen mit Einzelbasenaustauschen unterscheiden, lieferten Purin-Purin mismatches
die größte Diskriminierung. Dieser Zusammenhang wurde ebenfalls im AGTR1-
System beobachtet. Der A-G mismatch zwischen AGTR1 A und der siAGTR1 C geht mit
dem stärksten Verlust an Hemmung der 3’-UTR Reporter einher. Für die kurzen AGTR1 Reporter
konnte diese Beobachtung jedoch nicht bestätigt werden. Diese Diskrepanz bestätigt
weiterhin, dass die strukturellen Eigenschaften einer Ziel-RNA die Wirksamkeit und damit
die Diskriminierung von siRNAs zwischen RNAs polymorpher Ziel-Gene beeinflussen.
Weiterhin lässt sich feststellen, dass die verschiedenen 3’-UTRs durch die jeweiligen
siRNAs unterschiedlich stark gehemmt werden. So zeigte die siTCF21-vermittelte Regulation
der TCF21 3’-UTR Reporter eine stärkere Hemmung als die siAGTR1-induzierte Repression
der AGTR1 3’-UTR Reporter. Die ESR1 3’-UTR Reporter wiesen die geringste siRNAvermittelte
Hemmung auf. Diese unterschiedlichen Hemmwirkungen können auf Sequenzund
Strukturunterschieden der jeweiligen Erkennungsstelle aber auch der siRNA selbst beruhen.
Des Weiteren weisen die Vergleiche der Ergebnisse der siRNA und miRNA-Regulation
darauf hin, dass sich die RNA-Varianten polymorpher Ziel-Gene in ihrer Zugänglichkeit für
die beiden kleinen RNAs unterscheiden. So ist die AGTR1 3’-UTR C-Variante zugänglicher
für siRNAs (Transfektion-Assay, siehe Abb. 5.8; Annealing, siehe Abb. 5.11), die AGTR1
3’-UTR A-Variante ist jedoch stärker durch miRNAs regulierbar (miRNA Transfektionsdaten
mit beiden miR-155-Varianten, siehe Abb. 5.6).
6.6 Erkenntnisse für zukünftige Analysen von miR-SNPs
6.6.1 RNA-Strukturvorhersage als pre-screening
Im Rahmen dieser Arbeit wurden im Anschluss an die ersten Analysen im AGTR1- und
ESR1-System Sekundärstrukturvorhersagen für weitere potentielle miR-SNPs durchgeführt.
Nur für einen der analysierten SNPs, NT5C2 rs10786736, wurden für beide SNP-Varianten
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