Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

1040
C
5 Ergebnisse
(80 %); in 800 nt langen RNA-Abschnitten liegt der Loop-Anteil bei 94 %. Für die TCF21 G-
Variante erfolgte die Vorhersage einer überwiegenden SNP-Positionierung in einem Stem.
Dies trifft bereits für die kleinste in Anwendung gebrachte Fenstergröße (100 nt) zu.
Anteil in %
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
92 94
80
56
42
20
2
8 6
0 0 0
Stem Loop Bulge
TCF21 3′-UTR C
62 63
Stem
74
64
36
29 26
19
Loop
TCF21 3′-UTR G
19
9
Bulge
0 2
Fenstergröße 100
Fenstergröße 200
Fenstergröße 400
Fenstergröße 800
Abbildung 5.34: Prozentualer Anteil des jeweiligen Strukturkontextes der TCF21 SNP-Varianten
gruppiert nach Fenstergröße dargestellt.
TCF21 C
C
U
U
1060
A
G
G
C U
G A
1050
G
U
A
A
U
C
A
C
U
U
C
G
G
1070
G
U
U
C C
G
A
C
C
U
A
U
U
A
U
C
U
TCF21 G
G
1040
G
C
U
G
A
A
G
A
C
1050
U U
1070
1060
G
G
C
C
A
C
U
U
G
U
G
U
C
C
A
A
U
G
C
Abbildung 5.35: Vorhersage SNP-korrelierte Sekundärstrukturunterschiede zwischen den TCF21-
Varianten. Die Grafik zeigt beispielhaft die Strukturvorhersage eines 200 nt Ausschnittes (mRNA
Positionen 942-1141) der TCF21 C (oben) und TCF21 G (unten) Sequenz. Die SNP-Position ist durch
Pfeile markiert und die miR-224 Bindestelle grau hinterlegt. Es zeigen sich deutliche Unterschiede
sowohl in der globalen als auch lokalen Struktur um die SNP-Region.
108