Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5 Ergebnisse
A
ESR1 C
ESR1 U
2200
2200
2225
2325
2250
C
2275
2225
2325
2250
U
2275
2300
2300
2175
2175
2150
2150
2350
2350
2125
2125
2400
2375
2400
2375
2100
2100
2425
2425
2075
2075
2450
2450
B
G
C
G
C
2230
C
A
A
U
G
G
A
U
2320
U
A
U
G
U
C
U
U
C
ESR1 C
2240
U
A
U
C
U
2310
C
G
C
U
G
C
A
U
C U
A
A
C
C
U
C
GC
2250
G
C
G
C
U
A
U
U
2260
C
G
G
C
G
C
2230
G
C
2320
U
2240
U
A
U
A
A
G
A
C
C
G
U
U
C
U
U
U
G
U
U
C
C
ESR1 U
U
G
C
C
A
A
C
A
C
U
U
A
2250
U
2310
C
G
U
C
G
C
U
G
A
U
G
C
U
Abbildung 5.20: Minimale Unterschiede in der Strukturvorhersage der ESR1-Varianten. (A) zeigt beispielhaft
die vorhergesagten Strukturen für ESR1 C (links) und ESR1 U (rechts). Die SNP-Position ist
durch Pfeile angedeutet. Die sich unterscheidenden Strukturbereiche sind grau hinterlegt und betreffen
ausschließlich die lokale Struktur. Eine entsprechende Detailvergrößerung ist in (B) dargestellt.
Die SNP-Position ist durch Pfeile angedeutet sowie grau hinterlegt. Während sich das C ungepaart
in einem Loop befindet, liegt das U gepaart in unmittelbarer Nähe zu einem Loop vor. Die sich links
sowie rechts des SNPs anschließenden Bereiche weisen weitere Unterschiede auf.
5.4.7 RNA-Strukturprobing
Die Durchführung von Strukturprobing-Experimenten (siehe 4.2.15) diente einer vergleichenden
RNA-Strukturanalyse der ESR1-Varianten. Dazu wurden ESR1 3’-UTR C und U in
vitro Transkripte hergestellt und diese enzymatisch mit RNase T1 bzw. chemisch mit Pb 2+ hydrolysiert.
Die Analyse der RNA-Spaltprodukte erfolgte durch Primer-Extension (siehe 4.1.3)
und anschließende gelelektrophoretische Auftrennung (siehe 4.2.2). Die Ergebnisse sind in
der Abb. 5.21 dargestellt. Die elektrophoretische Auftrennung der in cDNA umgeschriebenen
Spaltprodukte zeigt sowohl für die RNase T1-Hydrolyse als auch für die Pb 2+ Spaltung
keine Unterschiede zwischen beiden ESR1 Transkript-Varianten.
82