Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...
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6 Diskussion<br />
6.1 Verfügbare Onl<strong>in</strong>e-Tools <strong>zu</strong>r Analyse von miR-<strong>SNPs</strong><br />
6.1.1 E<strong>in</strong>führung<br />
Die technischen Entwicklungen der vergangenen Jahre, wie z.B. die Next Generation Sequenc<strong>in</strong>g<br />
Technologie, haben <strong>zu</strong> e<strong>in</strong>em enormen Anstieg der Menge an genetischen Informationen<br />
<strong>in</strong> onl<strong>in</strong>e verfügbaren Datenbanken und <strong>zu</strong>r Entwicklung bio<strong>in</strong>formatischer Tools<br />
geführt. Auch e<strong>in</strong>e Vielzahl der Daten der vorliegenden Arbeit basieren auf der Verwendung<br />
von Onl<strong>in</strong>e-Tools und Computer-basierten Methoden. Sie ermöglichen, neben experimentellen<br />
Versuchen, die Datenfülle anhand von <strong>in</strong> silico <strong>Analysen</strong> <strong>zu</strong> untersuchen. Dennoch ist<br />
das detaillierte Verständnis e<strong>in</strong>es Molekularbiologen <strong>zu</strong> benutzten Algorithmen, statistischen<br />
Parametern und der damit verbundenen Vergleichbarkeit von Aussagen und Informationen<br />
oftmals un<strong>zu</strong>reichend. Die biologische Forschung aus derzeitiger Sicht kommt kaum mehr<br />
ohne die Informatik aus. Dies verdeutlicht den hohen Stellenwert der heutigen <strong>in</strong>terdiszipl<strong>in</strong>ären<br />
Zusammenarbeit von Biologen und (Bio-)Informatikern. Im Folgenden wird auf e<strong>in</strong>ige<br />
wichtige Onl<strong>in</strong>e-Tools näher e<strong>in</strong>gegangen.<br />
6.1.2 miRNA-Sequenzen und Vorhersage von miRNA B<strong>in</strong>destellen<br />
Informationen bezüglich der bisher identifizierten miRNA-Sequenzen s<strong>in</strong>d der miRBase Datenbank<br />
1 [133] <strong>zu</strong> entnehmen. Die Vorhersage von miRNA B<strong>in</strong>destellen <strong>in</strong>nerhalb e<strong>in</strong>er Ziel-<br />
RNA kann mittels verschiedener Onl<strong>in</strong>e-Tools erfolgen. Beispielhaft seien TargetScan 2 [43]<br />
und microRNA.org 3 [134] genannt. Beide bieten die Möglichkeit, für e<strong>in</strong>e miRNA die potentiellen<br />
Ziel-Gene und für e<strong>in</strong> Ziel-Gen die entsprechenden miRNA B<strong>in</strong>destellen vorher<strong>zu</strong>sagen.<br />
Weiterh<strong>in</strong> ist unter Verwendung von microRNA.org die miRNA Expression <strong>in</strong> ausgewählten<br />
Geweben und Zelll<strong>in</strong>ien nach<strong>zu</strong>schlagen.<br />
Die <strong>in</strong> silico Vorhersage mittels verschiedener Algorithmen liefert häufig nur ger<strong>in</strong>ge Überschneidungen,<br />
was e<strong>in</strong>e Erklärung dafür bietet, dass derartige <strong>Analysen</strong> häufig <strong>zu</strong> falschpositiven<br />
bzw. falsch-negativen Ergebnissen führen. Daher bedarf es e<strong>in</strong>er experimentellen<br />
1 http://www.mirbase.org/<br />
2 http://www.targetscan.org/<br />
3 http://www.microrna.org<br />
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