Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

3.5 Nukleinsäuren
3.5 Nukleinsäuren
Sofern nicht anders angegeben, wurden die während dieser Arbeit verwendeten Oligonukleotide
von der Firma Biomers GmbH synthetisiert und lyophilisiert geliefert. Nach einer
Resuspension in Nuklease-freiem H 2 O wurde deren Konzentration bestimmt (siehe 4.2.1)
und die Integrität mittels gelelektrophoretischer Auftrennung (siehe 4.2.2) überprüft. Im Folgenden
sind die verwendeten DNA-Oligonukleotide in Großbuchstaben und die RNA-Oligonukleotide
in Kleinbuchstaben angegeben.
Die folgende Tabelle zeigt die zur Generierung der notwendigen Oligonukleotide und Primer
verwendeten NCBI Nucleotide 1 Referenz-Sequenzen. Entsprechend dieser wurden die
im folgenden Abschnitt angegebenen mRNA-Positionen der jeweiligen Oligonukleotide bestimmt.
Tabelle 3.4: NCBI mRNA Referenz-Sequenzen
Gen Referenz-Sequenz Link
AGTR1 NM_031850.2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_031850.2
ESR1 NM_001122742.1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001122742.1
MRAS NM_001085049.1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001085049.1
TCF21 NM_198392.2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_198392.2
GAPDH NM_002046.4 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_002046.4
3.5.1 DNA Oligonukleotide
Die Klonierung der Reportergen-Konstrukte der AGTR1 miR-155 bzw. ESR1 miR-122 Bindestellen
erfolgte mit folgenden Oligonukleotiden. Unterstrichen sind jeweils die Nukleotide
(nt), die nicht Gen-spezifisch sind sondern den Restriktions-Schnittstellen entsprechen.
Tabelle 3.5: DNA Oligonukleotide
Name Sequenz (5’ → 3’) mRNA Positionen
AGTR1 A sense
AGTR1 A antisense
CTAGTAGCAC TTCACTACCA AATGAGCATT
AGCTACGCTC AGCA
AGCTTGCTGA GCGTAGCTAA TGCTCATTTG
GTAGTGAAGT GCTA
1590-1620
1 National Center for Biotechnology Information, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore
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