Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

3 Material
AGTR1 C sense
AGTR1 C antisense
ESR1 C sense
ESR1 C antisense
ESR1 T sense
ESR1 T antisense
CTAGTAGCAC TTCACTACCA AATGAGCCTT
AGCTACGCTC AGCA
AGCTTGCTGA GCGTAGCTAA GGCTCATTTG
GTAGTGAAGT GCTA
CTAGTCAAAT TCTGTCTCCT GCATACACTC
CGGCATGCTC AGCA
AGCTTGCTGA GCATGCCGGA GTGTATGCAG
GAGACAGAAT TTGA
CTAGTCAAAT TCTGTCTCCT GCATACACTC
TGGCATGCTC AGCA
AGCTTGCTGA GCATGCCAGA GTGTATGCAG
GAGACAGAAT TTGA
1590-1620
2229-2259
2229-2259
3.5.2 miRNAs
Entsprechend der in der miRBase Datenbank 2 aufgeführten Sequenzen wurden die verwendeten
microRNA (miRNA) guide und passenger Stränge synthetisch hergestellt. Für die
analysierten SNPs, die innerhalb einer miRNA Bindestelle lokalisiert sind (AGTR1, ESR1,
TCF21), wurde neben dem authentischen guide Strang auch ein sogenannter „SNP guide“
Strang synthetisiert. Dieser paart an der SNP-Position mit der jeweils anderen SNP-Variante.
Die betroffenen Positionen im miRNA guide Strang sind unterstrichen.
Tabelle 3.6: miRNAs
Name Sequenz (5’ → 3’) Ziel-mRNA (Position)
miR-155 guide
uuaaugcuaa ucgugauagg ggu
miR-155_SNP guide uuaaggcuaa ucgugauagg ggu
AGTR1 (1594-1616)
miR-155 passenger
cuccuacaua uuagcauuaa ca
miR-155 guide 3’ del uuaaugcuaa ucgugauagg
miR-155_SNP guide 3’ del uuaaggcuaa ucgugauagg
AGTR1 (1594-1613)
miR-122 guide
miR-122_SNP guide
miR-122 passenger
uggaguguga caaugguguu ug
uagaguguga caaugguguu ug
aacgccauua ucacacuaaa ua
ESR1 (2233-2255)
miR-195 guide uagcagcaca gaaauauugg c MRAS (1720-1742 # ,
miR-195 passenger ccaauauugg cugugcugcu cc 2115-2137 ## )
miR-135a guide uauggcuuuu uauuccuaug uga MRAS (1097-1119 # ,
miR-135a passenger uauagggauu ggagccgugg cg 1863-1885 ## )
2 http://www.mirbase.org/
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