Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

3 Material
T7 Promotorsite-Primer
Zur Durchführung einer in vitro Transkription der Ziel-Gen 3’-UTRs wurde mittels PCR unter
Verwendung der folgenden FW- und der in Abschnitt 3.5.4 aufgeführten RV-Primer die
Promotorsequenz der T7 RNA-Polymerase an das 5’-Ende der 3’-UTR-Sequenz angefügt.
Unterstrichen sind die nicht Gen-spezifischen nt.
Tabelle 3.11: T7 Promotorsite-Primer
Name Sequenz (5’ → 3’) mRNA-Position 1
AGTR1 T7 FW
MRAS T7 FW
TCF21 T7 FW
TCF21 200 T7 FW
GAAATTAATA CGACTCACTA TAGGGCATGT
TCGAAACCTG TCCATAAAG
GAAATTAATA CGACTCACTA TAGGGCAGGC
CTGAGGCCCT GG
GAAATTAATA CGACTCACTA TAGGGCCTTG
GAGTTTGGTA CCTGG
GAAATTAATA CGACTCACTA TAGGGAGAAG
CTGCTCTGCC AGGTG
2374-2412
748-764
818-837
942-961
1 des Gen-spezifischer Primer-Anteils
Probing-Primer
Zur Analyse der Spaltprodukte des RNA-Strukturprobings (siehe 4.2.15) wurden folgende
Primer an ihrem 5’-Ende 32 P-markiert und zur Primer-Extension eingesetzt (siehe 4.1.3).
Tabelle 3.12: Probing-Primer
Name Sequenz (5’ → 3’) mRNA-Position
AGTR1 P_32 CGGTTCAGTC CACATAATGC 1644-1663
ESR1 P_11 CTAGAAAGCC ATTGGTGTTG 2265-2284
MRAS P_400 ATCCAAGCTC AGACATTGTG G 1147-1167
MRAS P_1035 TGGATGGTGT CCACATTAGG T 1782-1802
MRAS P_1160 CATTGACTAG GCTTATAGAG GTGGT 1907-1930
MRAS P_1428 TCCTGTTGTC TCTCCACTCC 2175-2194
TCF21 P_37 AGGGCATCCT GACATCTTGA 1094-1113
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