Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.4 Untersuchungen im ESR1-System
Im Gegensatz zur miRNA-vermittelten Regulation der ESR1-Reporter zeigen diese hinsichtlich
der Länge der authentischen ESR1-Sequenz eine differenzierte Regulation durch
siRNAs. Eine stärkere siRNA-vermittelte Hemmung weisen dabei die kurzen ESR1-Reporter
auf. Jede der vier ESR1-Varianten wird durch die jeweilig vollständig komplementäre siRNA
besser gehemmt als durch die siRNA, die einen mismatch zur Ziel-RNA aufweist. Die Unterschiede
zwischen match und mismatch sind jedoch für die siESR1 U ausgeprägter. Darüber
hinaus wird jedes der vier ESR1-Konstrukte stärker durch die siESR1 U gehemmt.
5.4.6 Sekundärstrukturvorhersage
Für eine vergleichende RNA-Strukturvorhersage der ESR1 rs9341070 C- und U-Variante
wurden insgesamt 155 Strukturen aus 400, 800 oder 1400 nt langen ESR1 Sequenzabschnitten
mittels mfold berechnet und anschließend ausgewertet. Die Ergebnisse sind in der
Tab. 5.5 aufgeführt.
Tabelle 5.5: Ergebnisse der ESR1 RNA Sekundärstrukturvorhersage.
SNP-Position ESR1 C ESR1 U
gepaart 11 114
ungepaart 144 41
Summe analysierter Strukturen 155 155
Strukturkontext des SNP
Stem 11 114
Loop 112 14
Bulge 32 7
Junction 0 20
Die dargestellten Ergebnisse der mfold-Analyse lassen Unterschiede der Sekundärstruktur
beider ESR1-Varianten vermuten. Während für die ESR1 C-Variante die SNP-Position
vorwiegend in einem ungepaarten Zustand vorliegt (Loop), wurde die Lokalisation dieser innerhalb
der ESR1 U-Variante größtenteils gepaart (Stem) detektiert.
Die in der Abb. 5.20 beispielhaft dargestellten Strukturen verdeutlichen jedoch, dass der
SNP nur zu minimalen lokalen Unterschieden in der vorhergesagten Sekundärstruktur führt.
Der Abb.-Teil A (oben) zeigt jeweils einen globalen Bereich, die Ausschnitte um die miR-122
Bindestelle sind entsprechend im Abb.-Teil B (unten) stark vergrößert dargestellt. Ein Vergleich
beider ESR1-Strukturen (siehe Abb.-Teil A) zeigt, dass sich die Unterschiede auf den
grau hinterlegten Bereich beschränken. Wie im Abb.-Teil B ersichtlich ist, befindet sich das C
in einem ungepaarten Bereich, wohingegen das U gepaart jedoch in einem sehr ähnlichen
Strukturkontext vorliegt.
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