Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...
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4.4 Computergestützte Methoden und Auswertungen<br />
Es wurden Fenstergrößen von 100, 200, 400, 800 und 1400 nt und Schrittweiten von 20<br />
bis 100 nt gewählt. Die vergleichende Auswertung der berechneten Sekundärstrukturen erfolgte<br />
visuell.<br />
Es ist wichtig, <strong>zu</strong> betonen, dass diese Methode die Berechnung und Analyse vieler Sequenzabschnitte<br />
und damit vieler Strukturen für e<strong>in</strong>e bestimmte RNA be<strong>in</strong>haltet, und somit<br />
<strong>zu</strong> biologisch relevanten Strukturmodellen verhelfen kann [121].<br />
4.4.2 Onl<strong>in</strong>e-Tools<br />
Im Zeitraum von April 2009 bis Juni 2012 wurden die folgenden, kostenlos <strong>zu</strong>r Verfügung<br />
stehenden Onl<strong>in</strong>e-Tools verwendet.<br />
Tabelle 4.12: Übersicht verwendeter Onl<strong>in</strong>e-Tools.<br />
Funktion Internet-Adresse Referenz<br />
miRNA Sequenzen http://www.miRBase.org [133]<br />
miRNA Expression http://www.microrna.org [134]<br />
Vorhersage von miRNA B<strong>in</strong>de- http://www.targetscan.org [43]<br />
stellen http://www.microRNA.org [134]<br />
mRNA Sequenz<strong>in</strong>formationen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore<br />
Gen<strong>in</strong>formationen http://www.genecards.org [135]<br />
Gen- und Prote<strong>in</strong>-Funktionen http://biogps.org [136]<br />
Genexpressionsdaten<br />
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest<br />
SNP Informationen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp [137]<br />
http://mutdb.org [138]<br />
<strong>SNPs</strong> <strong>in</strong> miRNA B<strong>in</strong>destellen http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ [139, 140]<br />
http://www.bioguo.org/miRNASNP/ [141]<br />
Multiples Sequenz-Alignment http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/<br />
[142]<br />
clustalw2/<br />
RNA Hybridisierung<br />
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/ [143]<br />
rnahybrid/submission.html<br />
Primer Design<br />
http://www.genscript.com<br />
Molekulargewicht, Ext<strong>in</strong>ktionskoeffizient<br />
3<br />
Berechnung PCR-Produkte 3<br />
Tm Berechnung für Phusion ®<br />
Sequenz-Edition<br />
http://frodo.wi.mit.edu/<br />
http://www.ambion.com/techlib/<br />
Documents.html?fkResSxn=<br />
10&fkSubSxn=28<br />
http://www.ebio<strong>in</strong>fogen.com/biotools/<br />
pcr-product-calculator.htm<br />
http://www.f<strong>in</strong>nzymes.fi<br />
http://www.fr33.net/seqedit.php<br />
http://www.bio<strong>in</strong>formatics.org/sms/rev_<br />
comp.html<br />
[144]<br />
3 <strong>zu</strong>m Zeitpunkt des Verfassens der Dissertation nicht mehr verfügbar<br />
55
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