Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.5 Untersuchungen weiterer polymorpher Ziel-Gene
Die Sekundärstrukturen beider c17orf39-Varianten wurden ebenfalls an der etwa 120 nt
stromaufwärts vom SNP entfernten miR-101 Erkennungsstelle verglichen. Diese Analyse ergab,
dass sich die Strukturänderungen nur auf die unmittelbare SNP-Region beschränken,
und die Struktur der miR-101 Bindestelle vom SNP unbeeinflusst ist.
Tabelle 5.8: Ergebnisse der c17orf39 Sekundärstrukturvorhersage.
SNP-Position c17orf39 C c17orf39 U
gepaart 93 82
ungepaart 2 13
Summe analysierter Strukturen 95 95
Strukturkontext des SNP
Stem 3 74
Basenpaar vor Bulge 79 5
Basenpaar vor Junction 11 0
Basenpaar vor Loop 0 3
Loop 1 4
Bulge 1 9
Vorhersage von NT5C2 Sekundärstrukturen
Die Vorhersage der NT5C2-Sekundärstrukturen ergab keine Unterschiede für die beiden
Varianten (siehe Tab. 5.9). In allen analysierten NT5C2 C- und G-Strukturen lag die SNP-
Position in einem Loop und damit ungepaart vor. Die mfold-Analyse weist somit auf keine
durch den SNP rs10786736 hervorgerufenen Änderung der NT5C2 Sekundärstruktur hin.
Tabelle 5.9: Ergebnisse der NT5C2 Sekundärstrukturvorhersage.
SNP-Position NT5C2 G 11 NT5C2 C 12
ungepaart / Loop 55 55
Summe analysierter Strukturen 55 55
11 DNA Variante: G -> RNA Variante: C
12 DNA Variante: C -> RNA Variante: G
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