Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...
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5 Ergebnisse<br />
Unterschiede zwischen den Mustern der Spaltprodukte der MRAS 3’-UTR C und U <strong>in</strong><br />
vitro Transkripte konnten nur für die Auflösung der Spaltprodukte <strong>in</strong> der Nähe des <strong>SNPs</strong><br />
und der miR-195 B<strong>in</strong>destelle 1 beobachten werden (siehe Abb. 5.28, für die übrigen miRNA<br />
B<strong>in</strong>destellen: Daten nicht gezeigt).<br />
A<br />
MRAS C<br />
Pb 2+<br />
- -<br />
1715<br />
1720<br />
1725<br />
1730<br />
1735<br />
1740<br />
1745<br />
1750<br />
1755<br />
1760<br />
MRAS U<br />
U 1708<br />
C 1709<br />
U 1710<br />
C 1711<br />
U 1712<br />
U 1713<br />
G 1714<br />
C 1715<br />
U 1716<br />
G 1717<br />
C 1718<br />
G 1719<br />
U 1720<br />
U 1721<br />
U 1722<br />
U 1723<br />
C 1724<br />
U 1748<br />
C 1749<br />
B<br />
A C G T<br />
C<br />
C/U 1758<br />
RNase T1<br />
MRAS C<br />
MRAS U<br />
- -<br />
1715<br />
1720<br />
1725<br />
1730<br />
1735<br />
1740<br />
1745<br />
1750<br />
1755<br />
1760<br />
G 1714<br />
G 1717<br />
G 1719<br />
G 1743<br />
G 1744<br />
G 1746<br />
G 1754<br />
G 1759<br />
1765<br />
1765<br />
G 1768<br />
1770<br />
1770<br />
G 1773<br />
1775<br />
D<br />
MRAS C<br />
MRAS U<br />
rs9818870<br />
UCUCUUGCUGCGUUUUCACAUCAGCUGUGCUGCUUGGUGCCUCUCUGAUACGAAUACACUGACACGUC<br />
1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770<br />
UCUCUUGCUGCGUUUUCACAUCAGCUGUGCUGCUUGGUGCCUCUCUGAUAUGAAUACACUGACACGUC<br />
Pb 2+<br />
stark<br />
mittel<br />
schwach<br />
T1<br />
Abbildung 5.28: Strukturprob<strong>in</strong>g der MRAS 3’-UTR <strong>in</strong> vitro Transkript-Varianten zeigt unterschiedliche<br />
Spaltmuster. Die MRAS 3’-UTR <strong>in</strong> vitro Transkripte C und U wurden durch Pb 2+ oder RNase<br />
T1 hydrolysiert und die Spaltprodukte durch Primer-Extension und anschließende denaturierende<br />
PAGE detektiert. In (A) s<strong>in</strong>d die Ergebnisse des Pb 2+ , <strong>in</strong> (B) die der Sequenzier-Reaktion des U<br />
<strong>in</strong> vitro Transkripts und <strong>in</strong> (C) die der RNase T1-Hydrolyse gezeigt. Die SNP-Position ist durch „C/U<br />
1758“ gekennzeichnet und die Lokalisation der miR-195 B<strong>in</strong>destelle durch graue Balken angedeutet.<br />
In (D) s<strong>in</strong>d die MRAS RNA-Sequenzen mit den beobachteten Spaltstellen annotiert. Oberhalb<br />
der jeweiligen Sequenz s<strong>in</strong>d die Pb 2+ -Spaltstellen (Dreiecke) und unterhalb der Sequenz die RNase<br />
T1-Spaltstellen (Kreise) gezeigt. Die Stärke der Hydrolyse ist durch die Farbtiefe der Symbole angedeutet<br />
(weiß = schwach, grau = mittel und schwarz = stark). Die SNP-Position ist fett dargestellt und<br />
durch rs9818870 gekennzeichnet. Die miR-195 B<strong>in</strong>destelle 1 ist grau h<strong>in</strong>terlegt.<br />
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