Senza titolo-2 - aafvg associazione allevatori del friuli venezia giulia

Lo studio dei caratteri quantitativi di interesse economico dei suini pesanti richiede la
disponibilità di un numero elevato di marcatori molecolari, come ad esempio le
mutazioni puntiformi (SNP, Single Nucleotide Polymorphism). L’identificazione su
larga scala di varianti del DNA è diventata relativamente agevole negli ultimi anni,
grazie alle recenti tecnologie di sequenziamento, denominate Next Generation
Sequencing (NGS). Il genoma del suino è stato solo di recente completamente
sequenziato e assemblato (Pig Genome Assembly 9.2), fornendo in tal modo alla
comunità scientifica uno strumento utilissimo per gli studi di variabilità genomica e di
selezione genetica.
Nel corso del progetto è stato pertanto identificato un suino ibrido, nato da un verro
Duroc e una scrofa Large White e con caratteristiche ottimali per velocità di
accrescimento, qualità della carcassa, della coscia e della carne, da impiegare per
l’analisi di risequenziamento del genoma con tecnologia Illumina ® NGS (Li et al.,
2009).
Complessivamente sono state sequenziate 90,7 miliardi di basi, che sono state
assemblate in base al consenso e mappate sul genoma di riferimento, producendo una
copertura del 94% dell’intero genoma. La sequenza è stata riportata nei 18 cromosomi
e nel cromosoma X (Figura 5A) e il confronto con il genoma di riferimento Pig Genome
Assembly 9.2 (www.ensembl.org) ha permesso di identificare delle nuove mutazioni
puntiformi del DNA (SNP) non ancora riportate in letteratura (Figura 5B). Questo
risultato è la base di partenza per definire un panel a elevata densità di marcatori e
produrre un fingerprint tipico del suino ibrido derivato da verri Duroc e scrofe Large
White.
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