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Lo studio dei caratteri quantitativi di interesse economico dei suini pesanti richiede la disponibilità di un numero elevato di marcatori molecolari, come ad esempio le mutazioni puntiformi (SNP, Single Nucleotide Polymorphism). L’identificazione su larga scala di varianti del DNA è diventata relativamente agevole negli ultimi anni, grazie alle recenti tecnologie di sequenziamento, denominate Next Generation Sequencing (NGS). Il genoma del suino è stato solo di recente completamente sequenziato e assemblato (Pig Genome Assembly 9.2), fornendo in tal modo alla comunità scientifica uno strumento utilissimo per gli studi di variabilità genomica e di selezione genetica. Nel corso del progetto è stato pertanto identificato un suino ibrido, nato da un verro Duroc e una scrofa Large White e con caratteristiche ottimali per velocità di accrescimento, qualità della carcassa, della coscia e della carne, da impiegare per l’analisi di risequenziamento del genoma con tecnologia Illumina ® NGS (Li et al., 2009). Complessivamente sono state sequenziate 90,7 miliardi di basi, che sono state assemblate in base al consenso e mappate sul genoma di riferimento, producendo una copertura del 94% dell’intero genoma. La sequenza è stata riportata nei 18 cromosomi e nel cromosoma X (Figura 5A) e il confronto con il genoma di riferimento Pig Genome Assembly 9.2 (www.ensembl.org) ha permesso di identificare delle nuove mutazioni puntiformi del DNA (SNP) non ancora riportate in letteratura (Figura 5B). Questo risultato è la base di partenza per definire un panel a elevata densità di marcatori e produrre un fingerprint tipico del suino ibrido derivato da verri Duroc e scrofe Large White. 55
Figura 5. A. Cariotipo della specie Sus scrofa con evidenziate le varianti alleliche che sono risultate variabili (linee rosso mattone) in seguito all’analisi di risequenziamento del genoma (DNA). Le regioni del DNA note per la loro associazione con il grasso intramuscolare e la deposizione di grasso in genere sono evidenziate in verde. B. Numero di mutazioni puntiformi (SNP) omozigoti ed eterozigoti identificate per ciascun cromosoma A B 56
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I parentali La razza Large White ra
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Il programma alimentare del suino p
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Immagine rappresentativa dei prosci
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Lavoro Finanziato dalla Regione Fri
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