Last ned - Helsedirektoratet
Last ned - Helsedirektoratet
Last ned - Helsedirektoratet
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
tale lidelser, kronisk lungesykdom, allergier osv<br />
– ofte kalt lavrisikovarianter). SNP-matrisene<br />
inneholder inntil en million enkeltbasevarianter<br />
(SNP’er) som er vanlige i befolkningen. Hypotesen<br />
var opprinnelig at vanlige genetiske varianter<br />
disponerer for ”vanlige” sykdommer, og det<br />
siste tiåret har fokus for genetisk forskning<br />
skiftet nettopp til forskning på slike lavrisikovarianter.<br />
Teknologien gir også mulighet for å<br />
identifsere fere varianter som til sammen gir<br />
økt risiko eller som beskytter mot sykdom.<br />
I assosiasjonsstudier sammenlignes gjerne<br />
SNP-matrise data fra fere tusen syke og friske<br />
for å fnne hvilke varianter som opptrer oftere<br />
hos de syke og som dermed kan være disponerende<br />
for utvikling av den gitte sykdommen.<br />
Disse studiene har funnet mange nye lavrisikovarianter<br />
for våre vanlige folkesykdommer.<br />
Imidlertid har denne typen studier på langt nær<br />
kunnet forklare den observerte arveligheten for<br />
disse sykdommene. Årsaken kan være at andre<br />
sjeldne varianter, som ikke undersøkes vha<br />
SNP-matriser, antagelig også er av betydning<br />
for utvikling av ”vanlige” sykdommer. Disse<br />
sjeldne variantene kan imidlertid nå studeres<br />
ved hjelp av ny sekvenseringsteknologi. Det<br />
knytter seg derfor stor interesse til bruk av<br />
genomsekvensering i forskning på materiale<br />
lagret i store biobanker, kombinert med data fra<br />
helseundersøkelser og registre. I slike studier<br />
kan også informasjon om miljøpåvirkning<br />
kombineres med genotype.<br />
Vi kommer tilbake til lavrisikovarianter, biobankforskning<br />
mv senere i dette kapittelet.<br />
223 Også kalt ”deep sequencing”, massiv parallell sekvensering eller HTS (high throughput sequencing)<br />
224 Sanger sekvensering<br />
5.3.3 Genomsekvensering<br />
Den nyeste og mest kraftige typen genomanalyse<br />
er dypsekvensering 223 . DNA sekvensering<br />
er den eneste av våre genteknologiske<br />
metoder som gir en oppløselighet <strong>ned</strong> på<br />
enkeltbasenivå, og ulike former for sekvensering<br />
224 har lenge vært et hovedverktøy i genetisk<br />
diagnostikk. Det nye er nå at man med genomsekvensering<br />
får bestemt hele baserekkefølgen<br />
til genomet hos et menneske i samme analyse.<br />
Dersom man skal sekvensere hele genomet til<br />
et menneske, er det snakk om å bestemme<br />
rekkefølgen på 3.3 milliarder basepar (kodebiter).<br />
Men i løpet av 2010 ble en spesialvariant<br />
av dypsekvensering tilgjengelig hvor man kun<br />
undersøker de regioner som i tradisjonell<br />
forstand koder for proteiner, og som utgjør<br />
1.5% av genomet. De kodende regionene<br />
fordeler seg på DNA-sekvenser som vi kaller<br />
eksoner. Alle eksonene til et menneske kalles<br />
eksomet, og denne teknikken kalles derfor<br />
eksomsekvensering eller dypsekvensering.<br />
Årsaken til at denne målrettede typen dypsekvensering<br />
er så nyttig er at vi regner med at<br />
ca 85 % av alle sykdomsgivende genvarianter<br />
hos mennesket fnnes nettopp i eller like utenfor<br />
eksonene våre. Eksomsekvensering er i ferd<br />
med å bli tatt i bruk i ruti<strong>ned</strong>iagnostikk av<br />
sjeldne arvelige sykdommer, og det er denne<br />
teknikken som fortrinnsvis vil bli brukt også i<br />
assosiasjonsstudier på lagret biobankmateriale.<br />
I løpet av få år kan vi forvente at genomsekvenseringsteknologi<br />
blir ”rutine” både i denne typen<br />
forskning og i diagnostikk. Det er ikke dermed<br />
sagt at teknologien alltid vil bli brukt for å<br />
sekvensere hele genomet (se 5.3.4 om ulike<br />
bruksområder). I det etterfølgende skiller vi ikke<br />
mellom eksomsekvensering og (hel)genomsekvensering,<br />
men omtaler dette som dypsekvensering.<br />
157
Change language