Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5 Ergebnisse
Für die quantitative Analyse der Proben und die Identifizierung der differenziell regulierten
Proteine wurden die beiden Softwarepakete Progenesis LC-MS und Scaffold,
sowie die Suchmaschinen Mascot und X!Tandem verwendet. Die verwendeten Suchkriterien
sowie die Funktionsweise der verwendeten Software-Pakete wurde bereits in den
Abschnitten 4.5.3 und 4.5.4 erläutert. Die in den einzelnen Experimenten detektierten,
identifizierten und regulierten Peptide („Features“) und Proteine sind in Tabelle 5.3
zusammengefasst.
In allen durchgeführten Experimenten wurden nur Features berücksichtigt, welche einen
m/z-Wert zwischen 200 und 1800 Da sowie eine Ladung zwischen 2+ und 4+ aufwiesen.
Waren für ein „Feature“ mehr als zehn MS/MS-Spektren vorhanden, wurden nur
die zehn intensivsten MS/MS-Spektren für die Datenbanksuche ausgewählt. Ein Peptid,
welches eine „Peptid-Wahrscheinlichkeit“ von mindestens 80% aufwies, wurde als
eindeutig identifiziert angesehen. Ein Protein galt als eindeutig identifiziert, wenn es
eine „Protein-Wahrscheinlichkeit“ von 99% aufwies und anhand von mindestens zwei
Peptiden identifiziert wurde. Zusätzlich wurde eine „False Discovery-Rate“ (FDR) auf
Peptid- und Proteinebene ermittelt. Proteine, welche sich in ihrer „Peakfläche“ mindestens
um einen Faktor 2 zwischen den untersuchten Zuständen unterschieden und einen
p-Wert < 0.05 aufwiesen, wurden als differentiell reguliert angesehen.
Abbildung 5.3 zeigt die Verteilung der in den einzelnen Analysen identifizierten Proteine
auf die einzelnen subzellulären Kompartimente. Der Anteil der Membranproteine
an den insgesamt identifizierten Proteinen lag in allen Experimenten zwischen 30 und
40%. Die Gesamtzahl identifizierter Proteine schwankte dabei zwischen 400 und 525
Proteinen. Da für die Zuordnung der Proteine zu den einzelnen Kompartimenten Informationen
aus der „Pseudomonas Genome Database“ (Winsor et al., 2011) herangezogen
wurden und hier nicht für alle Proteine entsprechende Informationen hinterlegt waren,
konnten nicht alle identifizierten Proteine in Abbildung 5.3 berücksichtigt werden. Der
in der Membranfraktion gefundene Anteil zytosolischer Proteine lässt sich durch „Kontaminationen“
der Membranfraktion mit zytosolischen Proteinen sowie durch membranassoziierte
Proteine, welche in der Datenbank dem Zytosol zugeordnet wurden,
erklären.
Die Gelbilder sowie die Listen der darin regulierten Proteine der im Folgenden besprochenen
Versuche sind im Anhang, sortiert nach Kapitelüberschriften zu finden.
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