Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5.2 Untersuchungen zum Butanol-Metabolismus
mittels COG-Datenbank kein valides Ergebnis.
Tabelle 5.14: Übersicht über die in den einzelnen Fraktionen detektierten Features, aufgenommenen
und identifizierten MS/MS-Spektren sowie identifizierten Peptiden.
Features Aufgenommene Identifizierte Identifizierte
(Peptide) MS/MS-Spektren MS/MS-Spektren Peptide
Fraktion 1 5974 3468 1346 1230
Fraktion 2 11813 5947 2532 2323
Fraktion 3 13725 6805 2717 2369
Fraktion 4 12246 6081 2600 2298
Fraktion 5 12310 5617 2596 2318
Fraktion 6 11213 5382 2265 1972
Fraktion 7 9207 5031 2043 1758
Fraktion 8 13027 6180 2185 1968
Fraktion 9 13467 6157 2161 1934
Fraktion 10 10711 5558 2232 2002
Features: Anzahl der in einer Fraktion detektierten Features (Peptide).
Aufgenommene MS/MS-Spektren: Zahl der in einer Fraktion aufgenommenen MS/MS-Spektren.
Identifizierte MS/MS-Spektren: Zahl der MS/MS-Spektren, welche in der Datenbank identfiziert
werden konnten.
Identifizierte Peptide: Zahl der identifizierten Peptide.
Wie die 2D-DIGE-Daten legt auch eine genaue Betrachtung der mit Paenibacillus sp.
assoziierten „Features“ in diesem Experiment eine Kontamination von Fermenter III
und IV nahe. Abbildung 5.17 zeigt die Verteilung eines aus Paenibacillus sp. stammenden
Peptids (IQQVVNAAESTGR) über die einzelnen analysierten Proben. Das in
Abbildung 5.17 gezeigte Peptid ist dem Protein „Beta-Lactamase Domain-Containing
Protein“ aus Paenibacillus sp. Y412MC10 zuzuordnen. Wie bereits in Abschnitt 5.2.3.1
erwähnt, ist ein möglicher Einfluss dieser „Kontamination“ auf die Regulationsvorgänge
in Pseudomonas putida KT2440 nicht abzuschätzen. Nach Abzug der Proteine, welche
anderen Organismen zugeordnet werden konnten, wurden in Steady-State II lediglich
31 Proteine aus P. putida KT2440 verstärkt exprimiert.
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