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5 Ergebnisse Tabelle 5.28: Übersicht über die in den einzelnen Fraktionen detektierten Features, die aufgenommenen und identifizierten MS/MS-Spektren sowie die identifizierten Peptiden. Features Aufgenommene Identifizierte Identifizierte (Peptide) MS/MS-Spektren MS/MS-Spektren Peptide Fraktion 1 5567 4177 1868 1709 Fraktion 2 8573 6333 3220 2923 Fraktion 3 7579 5583 2859 2595 Fraktion 4 8367 6140 3184 2828 Fraktion 5 10394 7398 3986 3523 Fraktion 6 10947 7859 4094 3617 Fraktion 7 9873 7014 3678 3097 Fraktion 8 9236 6650 3443 2893 Fraktion 9 9961 7151 3716 3204 Fraktion 10 9044 6508 3230 2785 Features: Anzahl der in einer Fraktion detektierten Features (Peptide). Aufgenommene MS/MS-Spektren: Zahl der in einer Fraktion aufgenommenen MS/MS-Spektren. Identifizierte MS/MS-Spektren: Zahl der MS/MS-Spektren, welche in der Datenbank identfiziert werden konnten. Identifizierte Peptide: Zahl der identifizierten Peptide. Im Vergleich zu den Experimenten aus Abschnitt 5.2.3.3 zeigen die Anzahl der detektierten Features und die Anzahl der aufgenommenen MS/MS-Spektren einen linearen Zusammenhang. Gleiches gilt für das Verhältnis von identifizierten Peptiden und detektierten Features. Beide Zusammenhänge sowie die im Vergleich zu den Butanol- Experimenten höhere Gesamtzahl identifizierter Proteine weisen darauf hin, dass die durch die Verlängerung des UPLC-Gradienten erreichte Reduktion der Komplexität der Probe zu einem deutlichen Informationsgewinn führte. Insgesamt waren 569 Proteine differenziell reguliert. Hiervon waren 169 Proteine unter Vanillin in ihrer Expression vermindert, 400 Proteine zeigten eine verstärkte Expression. Um einen besseren Überblick über die Gesamtheit der Regulationen zu erhalten, wurden die regulierten Proteine anhand ihrer in der COG-Datenbank hinterlegten Funktion gruppiert. Abbildung 5.25 zeigt die prozentuale Verteilung der regulierten Proteine auf die einzelnen COG-Kategorien. Es wird deutlich, dass in beiden untersuchten Zuständen vor allem der Energie- und der Aminosäure-Metabolismus starken Regulationen unterworfen waren. Da unter Vanillin deutlich mehr Proteine als unter Glucose induziert waren, haben diese in fast allen Kategorien einen höheren Anteil als unter Glucose induzierte. Die meisten der unter Va- 146
5.3 Untersuchungen zum Vanillin-Metabolismus Abbildung 5.25: Einteilung der differenziell regulierten Proteine anhand ihrer COG- Kategorie. Die einzelnen Balken spiegeln den Anteil der entsprechenden Kategorie, an den insgesamt regulierten Proteinen wider. Die Kategorie „Not in COGs“ enthält Proteine, für die in der Datenbank keine COG-Informationen vorhanden waren. 147
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Quantitative Proteomanalyse von Pse
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Veröffentlichungen Ein Teil der Er
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Inhaltsverzeichnis 4.2.3 Kultivieru
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Inhaltsverzeichnis 5.3.2 Analyse de
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Abbildungsverzeichnis 3.1 Oxidation
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Abbildungsverzeichnis 5.39 Einteilu
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Tabellenverzeichnis 5.16 Differenti
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1 Zusammenfassung Induktion der Fet
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2 Summary The main focus of this wo
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3 Einleitung 3.1 Systembiologie in
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3 Einleitung 1948). Beide Autoren b
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3 Einleitung schritt im Bereich der
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3 Einleitung Abbildung 3.2: Glyoxyl
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3 Einleitung verschiedener Mechanis
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3 Einleitung Pyruvat zu Acetaldehyd
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3 Einleitung Wie auch bei der Herst
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3 Einleitung Pseudomonas putida KT2
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3 Einleitung schwierig. Substanzen,
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3 Einleitung werden die Zeit und da
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3 Einleitung definierten Massenbere
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3 Einleitung 3.3.4 Proteinidentifiz
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3 Einleitung Silberfärbung überle
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3 Einleitung 3.3.7 Labelfreie masse
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3 Einleitung 3.3.8 Selected reactio
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3 Einleitung weiter zu erhöhen, is
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4 Material und Methoden 4.1 Verwend
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4 Material und Methoden Tabelle 4.3
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4 Material und Methoden Bezeichnung
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4 Material und Methoden Medium Zusa
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4 Material und Methoden geführten
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4 Material und Methoden in ein neue
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4 Material und Methoden die in eine
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4 Material und Methoden 4.5.2 Ident
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4 Material und Methoden Tabelle 4.1
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4 Material und Methoden 4.5.3.1 bes
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4 Material und Methoden Abbildung 4
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4 Material und Methoden SRM-Überga
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5 Ergebnisse Abbildung 5.1: Durchf
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5 Ergebnisse pH-Gradienten lediglic
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse (31-fach), bei welchem
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5 Ergebnisse Position der beiden Sp
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Für die quantitative
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5 Ergebnisse Porin (PP_2662) und ei
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5 Ergebnisse Abbildung 5.4: Einteil
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5 Ergebnisse Abbildung 5.7: Unter G
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Seite 164 und 165: 5 Ergebnisse nillin induzierten Pro
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5 Ergebnisse Abbildung 5.42: Gelbil
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5 Ergebnisse Tabelle 5.44: Vergleic
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5 Ergebnisse Spot gi Nummer Protein
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6 Diskussion in P. putida JM37 deut
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6 Diskussion al., 1995; Toyama et a
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6 Diskussion stoffquelle abhängig
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6 Diskussion angeimpft. Die Zugabe
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6 Diskussion 3 g/l Butanol könnte
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6 Diskussion cken sich dabei nicht
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6 Diskussion setzungsversuche von Y
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6 Diskussion lin zuließ, war die v
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6 Diskussion Analyse unterschiedlic
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6 Diskussion mäßig geringen Grö
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6 Diskussion Publikation Verwendete
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6 Diskussion a) Stabilisierung und
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6 Diskussion nicht nachgewiesen wer
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6 Diskussion senspektrometrischer Q
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6 Diskussion Anteil an Proteinen de
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6 Diskussion gezielte und absolute
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6 Diskussion Wie bereits in den üb
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Literatur Alban, Andrew, Stephen Ol
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Literatur Chattopadhyay, Ava, Karin
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Literatur bp inverted repeat sequen
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Literatur Inui, Masayuki, Masako Su
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Literatur Lovric, Josip (2011). Int
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Literatur comparative analysis of t
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Literatur coding three quinoprotein
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Literatur Schmidt, Alexander, Josef
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Literatur Toyama, Hirohide, Zhi-Wei
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Literatur Wood J. M., W. A. und R.
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Abkürzungsverzeichnis CE DC GeLCMS
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Eidesstattliche Versicherung Eidess
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Anhang Alle Tabellen und Abbildunge
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