Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5.2 Untersuchungen zum Butanol-Metabolismus
5.2.3.1 Analyse der zytosolischen Fraktion durch 2D-DIGE
Für die 2D-DIGE-Analysen der Proben aus den Fermentern wurde der interne Standard
(IS), im Gegensatz zu den 2D-DIGE-Analysen der Schüttelkolben-Experimente
aus allen drei untersuchten Zuständen gemischt. Somit stand dieser auch für den Vergleich
von Steady-State II und Steady-State III zur Verfügung. Die bei der Auswertung
angelegten Kriterien entsprachen den bereits bei der Analyse der Schüttelkolben verwendeten.
Eine Übersicht über die in den einzelnen Analysen gefundenen, regulierten,
ausgestochenen und identifizierten Spots gibt Tabelle 5.12.
Tabelle 5.12: Übersicht über die im Rahmen der Analyse des Butanol-Metabolismus durchgeführten
2D-DIGE Experimente.
Stamm pH Behandlung Spots a Protein
Reg.
Analysierte
Ident.
Spots b
Spots c
Spots d
Spots
KT2440 4-7 0,75 g/l 2550 2031 154 48 40
KT2440 4-7 7,5 g/l 2038 1930 357 78 75
KT2440 4-7 0,75 g/l vs. 7,5 g/l 2496 1829 131 37 36
a Anzahl der insgesamt detektierten Spots.
b Anzahl der Spots, welche in die Auswertung einbezogen wurden (Spikes und Artefakte wurden zuvor
entfernt).
c Anzahl der Spots, welche nach statistischen Kriterien reguliert waren.
d Anzahl der Spots, welche nach manueller Validierung ausgestochen und massenspektrometrisch
analysiert wurden.
Differenzielle Regulation von Proteinen in Pseudomonas putida KT2440 im Vergleich
zwischen Steady-State I und Steady-State II
In 40 von 48 regulierten Spots konnte bei der massenspektrometrischen Analyse mindestens
ein Protein identifiziert werden. Dabei wiesen 26 Spots eine höhere Fluoreszenzintensität
in Steady-State II im Vergleich zu Steady-State I auf. 22 Spots waren
entgegengesetzt reguliert. Die in Steady-State I induzierte Dehydrogenase Subunit
(PP_1661) war in insgesamt vier regulierten Spots vorhanden, was auf mehrere posttranslationale
Modifikationen dieses Proteins hinweisen könnte. Auch das im gleichen
Operon befindliche Protein PP_1659 konnte in zwei Spots identifiziert werden und war
in diesen jeweils entgegengesetzt reguliert. Über die Funktion dieses Operons ist nichts
bekannt.
Auffällig war, dass in diesem Experiment eine signifikante Zahl von Proteinen identifiziert
wurde, welche nicht P. putida KT2440 sondern verschiedenen Arten der Gattung
Paenibacillus zugeordnet werden konnten. Die Analyse der Gelbilder sowie die Ergeb-
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