Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5.1 Untersuchungen zum Abbau von Ethylenglycol
sitivität festgestellt werden konnte, wurden für alle weiteren Experimente ausschließlich
Cy-Dyes verwendet.
Die im Rahmen der zusätzlich durchgeführten Experimente (pH-Gradient pH 3-11,
G-Dyes) gewonnenen Daten wurden in die Stoffwechselanalysen von Pseudomonas putida
KT2440 unter Einfluss von Ethylenglycol mit einbezogen.
Die Proteom-Analyse der mit Glyoxylsäure behandelten Zellen (Pseudomonas putida
KT2240) wurde mit den als Standard festgelegten Parametern (pH 4-7, Cy-Dyes)
durchgeführt. In diesem Experiment wurden 1459 Spots (1634 vor Bereinigung) detektiert,
wovon 91 nach statistischen Gesichtspunkten reguliert waren. Nach manueller
Evaluierung verblieben 32 Spots, welche aus dem Gel ausgeschnitten und verdaut wurden.
Hiervon konnten 23 Spots in der massenspektrometrischen Analyse identifiziert
werden. Worauf die geringe Zahl identifizierter Proteine in diesem Versuch zurückzuführen
ist, konnte nicht geklärt werden. Eine Übersicht über alle in dieser Versuchsreihe
durchgeführten 2D-DIGE-Experimente gibt Tabelle 5.1.
Tabelle 5.1: Übersicht über die im Rahmen der Analyse des Glyoxylsäure- und Ethylenglycol-
Metabolismus durchgeführten 2D-DIGE Experimente.
Stamm pH Behandlung Spots a Protein
Reg.
Analysierte
Ident.
Spots b
Spots c
Spots d
Spots
KT2440 4-7 EG 1747 850 91 21 21
KT2440 3-11 EG 1624 1624 79 23 21
KT2440 4-7 EG (G-Dyes) 2033 1621 68 11 10
KT2440 4-7 GXS 1634 1459 91 32 23
GN187 4-7 EG 3098 1414 19 4 4
GN187 4-7 GXS 3098 1414 47 23 20
GN259 4-7 EG 1596 1370 32 18 16
GN259 4-7 GXS 1596 1370 44 23 19
JM37 4-7 EG 1463 1357 42 20 18
JM37 4-7 GXS 3202 1605 134 34 27
a Anzahl der insgesamt detektierten Spots.
b Anzahl der Spots, welche in die Auswertung einbezogen wurden (Spikes und Artefakte wurden zuvor
entfernt).
c Anzahl der Spots, welche nach statistischen Kriterien reguliert waren.
d Anzahl der Spots, welche nach manueller Validierung ausgestochen und massenspektrometrisch
analysiert wurden.
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