Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5.2 Untersuchungen zum Butanol-Metabolismus
Tabelle 5.10: Proteine welche im Vergleich zwischen Glucose und 3 g/l Butanol sowohl auf
Transkriptom- als auch auf Proteomebene differentiell reguliert waren.
Trans.
Locus-Tag Gen Protein Reg.-
Reg.-
Prot.
PP_1206 oprD Outer Membrane Porin -1,7 0,5
PP_2680 Aldehyd-Dehydrogenase 4 2,5
PP_3241 Hypothetical Protein 4 5,7
PP_3553 Acyl-CoA Synthetase 3,7 8,5
PP_3554 Acyl-CoA Dehydrogenase 2,4 2,3
PP_3754 Beta-Ketothiolase 2,8 3,9
PP_3755 paaH 3-Hydroxybutyryl-CoA Dehydrogenase 3,1 4,6
PP_3783 Hypothetical Protein -2 0,5
PP_4201 Electron Transfer Flavoprotein 1,9 2
PP_4203 Electron-Transferring-Flavoprotein Dehydrogenase 2,1 3
Reg.-Trans.: Regulation auf Transkriptomebene. Transkripte wurden als reguliert betrachtet, wenn
sie eine Regulation von ±2,5 und einen p-Wert < 0,05 aufwiesen.
Reg.-Prot.: Proteine wurden als reguliert betrachtet, wenn sie um einen Faktor von mehr als 1,8
(bzw. weniger als 0,6) reguliert waren und einen p-Wert < 0,05 aufwiesen.
Eine geringe Schnittmenge zwischen Transkriptom- und Proteomdaten wurde bereits
in anderen Studien beobachtet (Picard et al., 2009; Sun et al., 2010) und ist vermutlich
auf mehrere Ursachen zurückzuführen. So könnten die im Vergleich zu Proteinen geringere
Halbwertszeit der mRNA sowie die variable Stabilität unterschiedlicher mRNAs
für die Unterschiede verantwortlich sein. Zudem könnten Modifikationen sowohl auf
Transkriptom- als auch auf Proteomebene die jeweiligen „Regulationen“ beeinflussen.
Nicht zuletzt trägt sicherlich auch die für die Proteomanalyse verwendete Methode (2D-
DIGE), welche sowohl in Bezug auf die analysierten Proteine (zytosolische Fraktion)
als auch in Bezug auf den analysierten pH-Bereich (pH 4-7) limitiert ist, zu den Unterschieden
bei. Um einen besseren Vergleich zwischen Transkriptom- und Proteomdaten
zu ermöglichen, wäre die Durchführung eines 1D-Gel-Frakionierung-Experimentes sinnvoll,
da über dieses Experiment ein weitaus größerer Teil des Proteoms als bei der hier
eingesetzten Methode abgebildet werden kann (s. Abschnitt 6.4).
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