Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5 Ergebnisse
Spot gi Nummer Protein-Name 2D-
DIGE
SRM
Pep.
ID
2989
26991411 heat shock protein GrpE 4,1 0,8 5
26990657 3-oxoadipate CoA-transferase
4,1 Van 2
subunit B
Spot: Spotnummer in 2D-DIGE Gel
Pep. ID: Anzahl der im 2D-DIGE Experiment für das jeweilige Protein identifizierte Peptide
n.d.: Der entsprechende SRM-Übergang konnte in diesem Versuch nicht detektiert werden
Van: Protein wurde nur auf in Vanillin kultivierten Proben identifiziert
Glu: Protein wurde nur in auf Glucose kultivierten Proben identifiziert
Wie Tabelle 5.44 zeigt, konnten für 10 der 19 analysierten Spots das regulierte Protein
eindeutig anhand der SRM-Daten identifiziert werden. In drei Spots, welche mehr als
zwei Proteine enthielten, erlaubte die SRM-Analyse eine weitere Einschränkung der
möglichen Kandidaten. In sechs Spots lieferte die SRM-Analyse keine klaren Hinweise
auf das in dem jeweiligen Spot regulierte Protein. Die Analyse zeigte darüber hinaus,
dass das abundanteste Protein nicht immer das regulierte Protein eines Spots darstellt
(z.B. 1103, 2989).
Eine Limitierung dieser Methode besteht zweifellos in der Zahl der pro Analyse detektierbaren
Übergänge, welche trotz der Verwendung einer „Scheduled-SRM-Methode“
beschränkt ist. So zeigte sich, dass das Zeitfenster (120 s), in welchem ein bestimmter
SRM-Übergang detektiert wird, kritisch für die Analyse ist, da bereits kleine Schwankungen
der Retentionszeit zu einem Verlust eines SRM-Signals führen können. Eine
Vergrößerung des Zeitfensters zieht wiederum eine Reduktion der in einer Analyse messbaren
SRM-Übergänge nach sich.
Eine weitere Optimierung in Hinblick auf Sensitivität und Durchsatz ist daher entscheidend
für den weiteren Einsatz dieser Methode. Zudem sind die Bestimmung des
technischen Fehlers sowie eine statistische Auswertung (Signifkanztest) zur Validierung
der Methode unerlässlich. Da mit der Etablierung der GeLCMSMS-Methode in dieser
Arbeit neben der 2D-DIGE-Analyse eine unabhängige Methode, welche die Identifizierung
einer Vielzahl von Proteinen erlaubte, zur Verfügung stand, wurden diese Optimierungen
jedoch nicht weiter verfolgt. Nichtdestotrotz konnte mit diesem Versuch
gezeigt werden, dass „Single Reaction Monitoring“ eine vielversprechende Methode zur
Validierung von 2D-DIGE-Experimenten darstellt.
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