Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

4.5 Massenspektrometrie
4.5.3 Labelfreie massenspektrometrische Quantifizierung
Labelfreie Quantifizierung wurde sowohl bei der Analyse des Membranproteoms als
auch bei der Analyse des 1D-Gel-Fraktionierungs-Experiments eingesetzt. Grundsätzlich
waren die Einstellungen und Parameter der UPLC und des Massenspektrometers
mit denen aus den Identifizierungs-Experimenten identisch. In den einzelnen Versuchen
kamen jedoch unterschiedliche UPLC-Gradienten zum Einsatz. Aufgrund der Komplexität
der Probe wurde für die Quantifizierung der Membranfraktion ein 240 min langer
Gradient verwendet (Tabelle 4.12).
Tabelle 4.12: Im Rahmen der Analyse des Membranproteoms verwendeter 240 min UPLC-
Gradient.
Die Zusammensetzung der Lösungsmittel war mit denen aus Tabelle 4.11 identisch. Nach dem
Ende des Gradienten wurde die Säule mit 85% Lösungsmittel B gespült und im Anschluss für
die nächste Analyse konditioniert.
Zeit (min) %A %B
1 99 1
3 95 5
240 60 40
245 15 85
250 15 85
251 99 1
Bei der Analyse der einzelnen Fraktionen der 1D-Gel-Fraktionierung wurden in den
beiden durchgeführten Teilprojekten unterschiedlich lange Gradienten verwendet. Die
Analyse der Proben aus dem Vanillin-Teilprojekt erfolgte über einen 90 min Gradienten,
für die Analyse der Proben aus dem Butanol-Teilprojekt wurde ein 60 min Gradient
verwendet. Dabei unterschied sich auch die Zahl der für die Fragmentierung ausgewählten
Peptid-Ionen. Im Vanillin-Teilprojekt wurden die sieben, im Butanol-Teilprojekt
die sechs intensivsten Signale für die Fragmentierung ausgewählt. Die übrigen Einstellungen
des Massenspektrometers waren mit denen aus Abschnitt 4.5.2 identisch. Der
Verlauf der beiden Gradienten ist in Tabelle 4.13 dargestellt.
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