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5 Ergebnisse Tabelle 5.29: Übersicht über die identifizierten Proteine des Glucose-Metabolismus sowie deren Regulation in den unterschiedlichen durchgeführten Analysen. Locus-Tag Gen Protein Reg. Reg. Reg. Reg. 1D Mem 2D In PP_0338 aceF dihydrolipoamide acetyltransferase 2,7 7,4 2,2 Glu PP_0339 aceE pyruvate dehydrogenase subunit E1 2,6 4,6 - Glu PP_1009 gap-1 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I 39,6 100 - Glu PP_1010 edd phosphogluconate dehydratase 38,8 176,4 - Glu PP_1011 glk glucokinase 27,8 - - Glu PP_1012 gltR-2 winged helix family two component transcriptional regulator 12,9 - - Glu PP_1015 PP_1016 PP_1017 PP_1018 sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein binding-protein-dependent transport systems inner membrane component binding-protein-dependent transport systems inner membrane component sugar ABC transporter ATP-binding subunit 67,3 76,5 12 Glu 178,5 253 - Glu 2406,1 59,9 - Glu 337,3 28,3 7,7 Glu PP_1019 oprB-1 porin B 95,6 74,5 5,4 Glu PP_1022 zwf-1 glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 46,4 351,3 6,3 Glu PP_1023 pgl 6-phosphogluconolactonase 84,7 65 14 Glu PP_1024 eda keto-hydroxyglutarate-aldolase/ketodeoxy- phosphogluconate aldolase PP_1444 gcd glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone) PP_3376 kguD 2-ketogluconate 6-phosphate reductase 158,5 1257,9 - Glu 3 - - Van 226 45,3 - Glu PP_3377 (kguT) major facilitator transporter 2081,3 30,4 - Glu PP_3378 kguK PfkB domain protein 1334,7 - - Glu PP_3379 xylose isomerase 78 - - Glu PP_3380 ptxS PtxS family transcriptional regulator 3,8 - - Glu PP_3382 (gad) gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit 544,1 - - Glu 150
5.3 Untersuchungen zum Vanillin-Metabolismus Locus-Tag Gen Protein Reg. Reg. Reg. Reg. 1D Mem 2D In PP_3383 (gad) gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit 100,4 - - Glu PP_3415 GnuR LacI family transcription regulator 13,4 - - Glu PP_3417 gntP gluconate transporter 40,5 257,2 - Glu PP_3443 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 5,5 - - Glu PP_4187 lpdG dihydrolipoamide dehydrogenase 1,3 1,7 - Glu PP_5346 oadA pyruvate carboxylase subunit B 12 5,9 4,1 Glu PP_5347 accC-2 pyruvate carboxylase subunit A 11,7 25 - Glu -: Nicht identifiziert / reguliert. Reg. 1D: Regulationsfaktoren aus dem GeLCMSMS Experiment. Reg. Mem: Regulationsfaktoren aus der Analyse der Membranfraktion. Reg. 2D: Regulationsfaktoren aus der 2D-DIGE-Analyse. Reg. In: Zustand, in welchem das Protein induziert war. Unter Glucose induzierte Transporter und Efflux-Systeme Auf Ebene der äußeren Membran war neben dem für die Glucose Aufnahme entscheidenden Protein OprB-1 auch das Porin OprE unter Glucose induziert. Obwohl die Substratspezifität von OprE nicht bekannt ist, scheint es bei der Chrom-Resistenz eine wichtige Rolle zu spielen (Rivera et al., 2008). Auch eine Beteiligung am Aminosäuretransport (Arginin, Prolin) wurde postuliert (Tamber et al., 2006). Das unspezifische (allgemeine) Porin OprF wies hingegen zwischen den beiden Zuständen keine quantitativen Unterschiede in seiner Expression auf. Diese Beobachtung deckt sich mit der Feststellung, dass Pseudomonaden, im Gegensatz zu anderen gramnegativen Bakterien, einen Großteil des Membrantransports über spezifische und nicht über unspezifische Porine bewerkstelligen (Tamber et al., 2006). Neben den oben genannten Porinen waren auch zwei Porine der NodT Familie (PP_3582, PP_4211) unter Glucose induziert. Typisch für diese Familie ist der dreigliedrige Aufbau, welcher aus einer „ABC- Transporter-ATPase“, einem „Membrane Fusion Protein (MFP)“ und dem bereits erwähnten Porin besteht. Die Komponenten der inneren Membran waren wie die Porine ebenfalls induziert (PP_3585 bzw. PP_4209-PP_4210). Es kann davon ausgegangen werden, dass RND-Efflux-Systeme dieses Typs kleine Moleküle transportieren (Poole, 2001). Die genauen Substrate der beiden unter Glucose induzierten Transporter sind jedoch nicht bekannt. Zusätzlich zu diesen RND-Transportern waren einige Untereinheiten von Transportern, welche an der Eisenaufnahme beteiligt sind, unter Glucose induziert (PP_3612, PP_5196, PP_3155, PP_3325). Für einen erhöhten Eisenbedarf 151
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Quantitative Proteomanalyse von Pse
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Veröffentlichungen Ein Teil der Er
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Inhaltsverzeichnis 4.2.3 Kultivieru
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Inhaltsverzeichnis 5.3.2 Analyse de
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Abbildungsverzeichnis 3.1 Oxidation
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Abbildungsverzeichnis 5.39 Einteilu
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Tabellenverzeichnis 5.16 Differenti
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1 Zusammenfassung Induktion der Fet
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2 Summary The main focus of this wo
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3 Einleitung 3.1 Systembiologie in
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3 Einleitung 1948). Beide Autoren b
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3 Einleitung schritt im Bereich der
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3 Einleitung Abbildung 3.2: Glyoxyl
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3 Einleitung verschiedener Mechanis
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3 Einleitung Pyruvat zu Acetaldehyd
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3 Einleitung Wie auch bei der Herst
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3 Einleitung Pseudomonas putida KT2
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3 Einleitung schwierig. Substanzen,
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3 Einleitung werden die Zeit und da
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3 Einleitung definierten Massenbere
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3 Einleitung 3.3.4 Proteinidentifiz
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3 Einleitung Silberfärbung überle
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3 Einleitung 3.3.7 Labelfreie masse
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3 Einleitung 3.3.8 Selected reactio
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3 Einleitung weiter zu erhöhen, is
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4 Material und Methoden 4.1 Verwend
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4 Material und Methoden Tabelle 4.3
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4 Material und Methoden Bezeichnung
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4 Material und Methoden Medium Zusa
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4 Material und Methoden die in eine
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4 Material und Methoden 4.5.3.1 bes
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5 Ergebnisse Abbildung 5.1: Durchf
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5 Ergebnisse pH-Gradienten lediglic
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Position der beiden Sp
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Für die quantitative
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5 Ergebnisse Porin (PP_2662) und ei
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5 Ergebnisse Abbildung 5.4: Einteil
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5 Ergebnisse Abbildung 5.6: Postuli
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5 Ergebnisse Abbildung 5.7: Unter G
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5 Ergebnisse 5.2 Untersuchungen zum
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5 Ergebnisse ausgesetzt. Grundlage
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Seite 136 und 137: 5 Ergebnisse Abbildung 5.17: Darste
Seite 138 und 139: 5 Ergebnisse Viele der differentiel
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Seite 164 und 165: 5 Ergebnisse nillin induzierten Pro
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5 Ergebnisse Spot gi Nummer Protein
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6 Diskussion in P. putida JM37 deut
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6 Diskussion al., 1995; Toyama et a
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6 Diskussion stoffquelle abhängig
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6 Diskussion angeimpft. Die Zugabe
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6 Diskussion 3 g/l Butanol könnte
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6 Diskussion setzungsversuche von Y
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6 Diskussion lin zuließ, war die v
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6 Diskussion Analyse unterschiedlic
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6 Diskussion mäßig geringen Grö
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6 Diskussion Publikation Verwendete
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6 Diskussion a) Stabilisierung und
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6 Diskussion nicht nachgewiesen wer
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6 Diskussion senspektrometrischer Q
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6 Diskussion Anteil an Proteinen de
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6 Diskussion gezielte und absolute
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6 Diskussion Wie bereits in den üb
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Literatur Alban, Andrew, Stephen Ol
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Literatur Chattopadhyay, Ava, Karin
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Literatur bp inverted repeat sequen
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Literatur Inui, Masayuki, Masako Su
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Literatur Lovric, Josip (2011). Int
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Literatur comparative analysis of t
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Literatur coding three quinoprotein
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Literatur Schmidt, Alexander, Josef
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Literatur Toyama, Hirohide, Zhi-Wei
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Literatur Wood J. M., W. A. und R.
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Abkürzungsverzeichnis CE DC GeLCMS
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Eidesstattliche Versicherung Eidess
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Anhang Alle Tabellen und Abbildunge
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