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5 Ergebnisse Locus-Tag Gen Protein Reg. Reg. Reg. Reg. 1D Mem 2D In PP_4011 icd isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent 5,7 - 3,6 Van PP_4116 aceA isocitrate lyase 5,2 9,5 3,3 Van PP_4185 sucD succinyl-CoA synthetase subunit alpha - 3 Glu PP_4186 sucC succinyl-CoA synthetase subunit beta - 2,5 Glu PP_4189 sucA 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component PP_4190 sdhB succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit PP_4191 sdhA succinate dehydrogenase flavoprotein subunit PP_4192 sdhD succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein PP_4193 sdhC succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit - - - - 2,2 - Van 2,1 - 1,9 Van - 2,9 - Van - 3,2 - Van -: Nicht identifiziert / reguliert. Reg. 1D: Regulationsfaktoren aus dem GeLCMSMS Experiment. Reg. Mem: Regulationsfaktoren aus der Analyse der Membranfraktion. Reg. 2D: Regulationsfaktoren aus der 2D-DIGE-Analyse. Reg. In: Zustand, in welchem das Protein induziert war. Vanillin-Abbau und der β-Ketoadipat-Weg In Gegenwart von Vanillin war vor allem eine verstärkte Expression der Enzyme des Protocatechuat-Zweiges des β-Ketoadipat-Wegs zu beobachten. Bis auf PcaG, welches mit keiner der verwendeten Methoden identifiziert werden konnte, waren alle Proteine des Pca-Zweiges unter Vanillin induziert (Abbildung 5.27). Downstream von Vanillinsäure waren die beiden Untereinheiten der Vanillat-Demethylase (VanA und VanB), welche die Umsetzung von Vanillinsäure zu Protocatechuat katalysieren, induziert. Das Enzym Vanillin-Dehydrogenase (Vdh), welches mutmaßlich den ersten Schritt des Vanillinabbaus katalysiert, wurde in diesen Experimenten (GeLCMSMS) zwar identifiziert, zeigte jedoch keine Regulation. Die von Overhage et al. (1999b) als VDH-II beschriebene Coniferylaldehyd-Dehydrogenase (PP_5120) war hingegen unter Vanillin 6,9-fach induziert. Da in diesem Versuch keine absoluten Enzymmengen und auch keine Umsatzraten bestimmt wurden, lässt dieses Ergebnis jedoch noch keinen Schluss über den ersten Schritt des Vanillinabbaus in P. putida 154
5.3 Untersuchungen zum Vanillin-Metabolismus Abbildung 5.27: Differentiell regulierte Proteine des β-Ketoadipat-Weges. A) Genabschnitte welche für Enzyme des Protocatechuat-Zweiges oder für daran beteiligte Transporter kodieren. Bekannte Operons wurden durch Pfeile markiert. B) Vermuteter Abbauweg von Vanillin zu Succinyl-CoA und Acetyl-CoA mit daran beteiligten Enzyme in P. putida KT2440. Die Regulationsfaktoren der einzelnen Proteine in den unterschiedlichen Versuchen sind in Tabelle 5.32 zusammengefasst. 155
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Quantitative Proteomanalyse von Pse
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Veröffentlichungen Ein Teil der Er
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Inhaltsverzeichnis 4.2.3 Kultivieru
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Inhaltsverzeichnis 5.3.2 Analyse de
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Abbildungsverzeichnis 3.1 Oxidation
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Abbildungsverzeichnis 5.39 Einteilu
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Tabellenverzeichnis 5.16 Differenti
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1 Zusammenfassung Induktion der Fet
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2 Summary The main focus of this wo
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3 Einleitung 3.1 Systembiologie in
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3 Einleitung 1948). Beide Autoren b
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3 Einleitung schritt im Bereich der
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3 Einleitung Abbildung 3.2: Glyoxyl
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3 Einleitung verschiedener Mechanis
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3 Einleitung Pyruvat zu Acetaldehyd
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3 Einleitung Wie auch bei der Herst
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3 Einleitung Pseudomonas putida KT2
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3 Einleitung schwierig. Substanzen,
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3 Einleitung werden die Zeit und da
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3 Einleitung definierten Massenbere
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3 Einleitung 3.3.4 Proteinidentifiz
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3 Einleitung Silberfärbung überle
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3 Einleitung 3.3.7 Labelfreie masse
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3 Einleitung 3.3.8 Selected reactio
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3 Einleitung weiter zu erhöhen, is
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4 Material und Methoden 4.1 Verwend
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4 Material und Methoden Tabelle 4.3
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4 Material und Methoden Bezeichnung
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4 Material und Methoden Medium Zusa
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4 Material und Methoden geführten
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4 Material und Methoden 0,05% Oktan
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4 Material und Methoden in ein neue
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4 Material und Methoden die in eine
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4 Material und Methoden 30 min im D
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4 Material und Methoden der unteren
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4 Material und Methoden 4.5.2 Ident
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4 Material und Methoden Tabelle 4.1
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4 Material und Methoden 4.5.3.1 bes
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4 Material und Methoden Abbildung 4
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4 Material und Methoden SRM-Überga
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4 Material und Methoden getrennt. D
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5 Ergebnisse Abbildung 5.1: Durchf
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5 Ergebnisse pH-Gradienten lediglic
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse (31-fach), bei welchem
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5 Ergebnisse Position der beiden Sp
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Für die quantitative
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5 Ergebnisse Porin (PP_2662) und ei
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5 Ergebnisse Abbildung 5.4: Einteil
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5 Ergebnisse Abbildung 5.7: Unter G
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5 Ergebnisse 5.2 Untersuchungen zum
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5 Ergebnisse ausgesetzt. Grundlage
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5 Ergebnisse vorherigen Experiment
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5 Ergebnisse Locus-Tag Gen Protein
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Seite 132 und 133: 5 Ergebnisse wicht des nach der Zel
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Seite 136 und 137: 5 Ergebnisse Abbildung 5.17: Darste
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Seite 160 und 161: 5 Ergebnisse Tabelle 5.27: Übersic
Seite 164 und 165: 5 Ergebnisse nillin induzierten Pro
Seite 168 und 169: 5 Ergebnisse unter Glucose spricht
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Seite 184 und 185: 5 Ergebnisse Tabelle 5.36: Vergleic
Seite 186 und 187: 5 Ergebnisse Lipid-Metabolismus Im
Seite 190 und 191: 5 Ergebnisse in unseren Experimente
Seite 192 und 193: 5 Ergebnisse Abbildung 5.32: Quanti
Seite 194 und 195: 5 Ergebnisse mente wurden anschlie
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Seite 198 und 199: 5 Ergebnisse sion verstärkt. So ko
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Seite 204 und 205: 5 Ergebnisse gulation von LiuA war
Seite 206 und 207: 5 Ergebnisse Locus- Gen Protein Glu
Seite 208 und 209: 5 Ergebnisse Abbildung 5.41: Schema
Seite 210 und 211: 5 Ergebnisse Tabelle 5.43: Differen
Seite 212 und 213: 5 Ergebnisse Abbildung 5.42: Gelbil
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Seite 216 und 217: 5 Ergebnisse Spot gi Nummer Protein
Seite 218 und 219: 6 Diskussion in P. putida JM37 deut
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6 Diskussion al., 1995; Toyama et a
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6 Diskussion stoffquelle abhängig
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6 Diskussion angeimpft. Die Zugabe
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6 Diskussion 3 g/l Butanol könnte
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6 Diskussion cken sich dabei nicht
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6 Diskussion setzungsversuche von Y
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6 Diskussion lin zuließ, war die v
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6 Diskussion Analyse unterschiedlic
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6 Diskussion mäßig geringen Grö
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6 Diskussion Publikation Verwendete
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6 Diskussion a) Stabilisierung und
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6 Diskussion nicht nachgewiesen wer
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6 Diskussion senspektrometrischer Q
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6 Diskussion Anteil an Proteinen de
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6 Diskussion gezielte und absolute
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6 Diskussion Wie bereits in den üb
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Literatur Alban, Andrew, Stephen Ol
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Literatur Chattopadhyay, Ava, Karin
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Literatur bp inverted repeat sequen
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Literatur Inui, Masayuki, Masako Su
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Literatur Lovric, Josip (2011). Int
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Literatur comparative analysis of t
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Literatur coding three quinoprotein
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Literatur Schmidt, Alexander, Josef
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Literatur Toyama, Hirohide, Zhi-Wei
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Literatur Wood J. M., W. A. und R.
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Abkürzungsverzeichnis CE DC GeLCMS
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Eidesstattliche Versicherung Eidess
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Anhang Alle Tabellen und Abbildunge
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