Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

5 Ergebnisse
wicht des nach der Zellernte erhaltenen Pellets, aber auch dessen Löslichkeit in dem
verwendeten Lysepuffer, waren im Vergleich zu den Schüttelkolben-Experimenten deutlich
geringer. Die geringe Löslichkeit könnte zu einer schlechteren Trennung der beiden
Fraktionen geführt haben und somit für die „Kontamination“ der Membranfraktion mit
zytosolischen Proteinen verantwortlich sein.
Differenzielle Regulation von Proteinen in Pseudomonas putida KT2440 im Vergleich
zwischen Steady-State I und Steady-State II
In diesem Versuch konnten insgesamt 435 Proteine identifiziert werden, wovon 23 nach
den in dieser Arbeit angelegten Kriterien (s. Tabelle 5.13) als reguliert zu betrachten
sind. In Steady-State II zeigten 18 Proteine eine verstärkte Expression, fünf waren in
Steady-State I induziert.
Differenzielle Regulation von Proteinen in Pseudomonas putida KT2440 im Vergleich
zwischen Steady-State I und Steady-State III
Die Zahl der identifizierten Proteine war in diesem Experiment mit 530 deutlich höher
als im Vergleich zwischen Steady-State I und Steady-State II. Auch waren mit 80 Proteinen
wesentlich mehr Proteine als im vorherigen Versuch (Vergleich von Steady-State
I und Steady State II) reguliert. 67 aller regulierten Proteine wiesen eine verstärkte
Expression in Steady-State III auf, 13 waren in Steady-State I induziert.
Differenzielle Regulation von Proteinen in Pseudomonas putida KT2440 im Vergleich
zwischen Steady-State II und Steady-State III
Die Zahl der in diesem Experiment identifizierten Proteine betrug 598 wovon 54 zwischen
den beiden Zuständen differentiell reguliert waren. 34 Proteine waren in Steady-
State III, 20 in Steady-State II stärker exprimiert.
5.2.3.3 1D-Fraktionierung (GeLCMSMS-Analyse)
Bei dieser Methode erfolgte vor der eigentlichen, labelfreien Quantifizierung mittels
LC-ESI-MS eine Fraktionierung des Komplettlysats über eine 1D-SDS PAGE. Hierzu
wurden die Proben mit einem SDS-haltigen Puffer extrahiert, was insbesondere die
Löslichkeit hydrophober (Membran-)Proteine deutlich verbessert. Eine Unterteilung
des Gels in zehn Fraktionen erlaubte eine deutliche Reduktion der Komplexität der
Gesamtprobe, was zu einer deutlich höheren Zahl identifizierbarer und quantifizierbarer
Proteine führte (Abbildung 5.15).
In der Regel konnten mit dieser Methode ca. 30% der im P. putida KT2440 Genom
kodierten Proteine identifiziert werden. Für die durchgeführten Vergleiche wurden je
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