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6 Diskussion Wie bereits in den übrigen Experimenten dieser Arbeit zeigte sich auch in diesem Teilprojekt, dass Proteine eines Abbauwegs auf dem Genom häufig benachbart liegen und einer gemeinsamen Regulation unterworfen sind. Dies ist eine in Bakterien weit verbreitete Form der Genom-Organisation (Lathe et al., 2000). So war das Cluster PA2552 - PA2557, welches aus zwei Operons (PA2552-PA2555 und PA2556-PA2557) besteht sowohl unter Citronellol als auch unter Citronellsäure induziert. Unter Oktansäure zeigte nur ein Protein dieses Clusters, PA2553, eine leichte Induktion. Auch größere Genom- Bereiche waren zu großen Teilen geschlossen induziert. Darunter die Region zwischen PA1994 und PA2003, welche gleichermaßen beim Wachstum auf unverzweigten wie verzweigten Fettsäuren verstärkt exprimiert wurde. Im Hinblick auf den Citratzyklus, kam es unter Oktansäure und Citronellol/Citronellsäure zu einer Induktion der beiden Schlüsselenzyme des Glyoxylat-Shunts Iscocitrat-Lyase und Malat-Synthase. Die von Förster-Fromme et al. (2005) als essentiell für den Abbau von Terpenen beschriebene Malat: Quinon Oxidoreduktase (MqoB) konnte auch in unseren Versuchen identifiziert werden. Das Enzym zeigte jedoch in keinem der in dieser Arbeit durchgeführten Experimente eine verstärkte Expression. Dieses Ergebnis steht nicht unbedingt im Widerspruch zu den von Förster-Fromme et al. (2005) erhobenen Daten, da MqoB auch konstitutiv exprimiert sein könnte. Die zweite Malat:Quinon Oxidoreduktase (MqoA) konnte in keinem unserer Versuche identifiziert werden. Im Hinblick auf die Publikation von Chattopadhyay et al. (2010) welche zeigt, dass ExaA eine Rolle beim Abbau von Geraniol spielt, war auch dieses Enzym von besonderem Interesse. Eine Inaktivierung dieses Enzyms führte bei Chattopadhyay et al. (2010) zu einem verminderten Wachstum auf Geraniol. Zudem zeigte rekombinant exprimiertes ExaA eine hohe Spezifität sowie Umsatzrate für Citronellol (Chattopadhyay et al., 2010). Mit Blick auf die Funktion des homologen Enzyms in P. putida KT2440 beim Abbau von Butanol und Ethylenglycol wäre daher eine Rolle von ExaA bei der Oxidation von Citronellol zu Citronellsäure denkbar. Die im Vergleich zu AtuB und AtuG geringe Induktion von ExaA unter Citronellol deutet jedoch auf eine untergeordnete Rolle beim Abbau von Citronellol hin. Zudem wurde ExaA unter Citronellsäure deutlich stärker exprimiert als unter Citronellol, was eine Beteiligung an der Oxidation von Citronellol unwahrscheinlich erscheinen lässt. Wie bereits in Abschnitt 5.4 erwähnt, wurden die Daten unter zwei verschiedenen LC-ESI-MS/MS-Setups erhoben. In diesen unterschiedlichen Setups wiesen identische Peptide stark voneinander abweichende Retentionszeiten auf, was vermutlich auf unterschiedliche Trenneigenschaften der eingesetzten HPLC-Säulen, bedingt durch Abnutzungseffekte, zurückzuführen ist. Während LC-ESI-MS/MS Läufe eines Setups eine gute Vergleichbarkeit zeigten, war diese in den Experimenten „Glucose vs. Citronellsäure“ und „Citronellsäure vs. Citronellol“, welche aus unterschiedlichen Setups kombiniert 234
6.5 Terpene werden mussten, deutlich schlechter. Trotz dieser Effekte konnte durch ein „manuelles Alignment“ eine gute Vergleichbarkeit der unterschiedlichen LC-ESI-MS/MS-Analysen erreicht werden. Da keine Messung von Metaboliten im Überstand erfolgte, ist es schwer zu beurteilen, ob zum Zeitpunkt der Probenahme noch Oktansäure in den auf Citronellol und Citronellsäure kultivierten Proben vorhanden war und welchen Einfluss diese verbliebene Oktansäure gegebenenfalls auf die Protein-Regulation hatte. 235
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Quantitative Proteomanalyse von Pse
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Veröffentlichungen Ein Teil der Er
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Inhaltsverzeichnis 4.2.3 Kultivieru
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Inhaltsverzeichnis 5.3.2 Analyse de
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Abbildungsverzeichnis 3.1 Oxidation
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Abbildungsverzeichnis 5.39 Einteilu
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Tabellenverzeichnis 5.16 Differenti
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1 Zusammenfassung Induktion der Fet
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2 Summary The main focus of this wo
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3 Einleitung 3.1 Systembiologie in
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3 Einleitung 1948). Beide Autoren b
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3 Einleitung schritt im Bereich der
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3 Einleitung Abbildung 3.2: Glyoxyl
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3 Einleitung verschiedener Mechanis
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3 Einleitung Pyruvat zu Acetaldehyd
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3 Einleitung Wie auch bei der Herst
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3 Einleitung Pseudomonas putida KT2
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3 Einleitung schwierig. Substanzen,
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3 Einleitung werden die Zeit und da
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3 Einleitung definierten Massenbere
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3 Einleitung 3.3.4 Proteinidentifiz
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3 Einleitung Silberfärbung überle
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3 Einleitung 3.3.7 Labelfreie masse
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3 Einleitung 3.3.8 Selected reactio
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3 Einleitung weiter zu erhöhen, is
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4 Material und Methoden 4.1 Verwend
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4 Material und Methoden Tabelle 4.3
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4 Material und Methoden Bezeichnung
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4 Material und Methoden Medium Zusa
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4 Material und Methoden 4.5.2 Ident
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4 Material und Methoden Tabelle 4.1
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4 Material und Methoden 4.5.3.1 bes
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4 Material und Methoden Abbildung 4
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5 Ergebnisse Abbildung 5.1: Durchf
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5 Ergebnisse pH-Gradienten lediglic
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Position der beiden Sp
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Für die quantitative
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5 Ergebnisse Porin (PP_2662) und ei
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5 Ergebnisse Abbildung 5.4: Einteil
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5 Ergebnisse Abbildung 5.6: Postuli
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5 Ergebnisse Abbildung 5.7: Unter G
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5 Ergebnisse 5.2 Untersuchungen zum
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5 Ergebnisse ausgesetzt. Grundlage
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5 Ergebnisse vorherigen Experiment
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5 Ergebnisse Locus-Tag Gen Protein
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5 Ergebnisse mungskettenenzym Cytro
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5 Ergebnisse nicht bekannt. Auch in
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5 Ergebnisse 5.2.2 Transkriptom- un
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5 Ergebnisse Abbildung 5.12: VENN-D
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5 Ergebnisse Da nicht alle Kultivie
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5 Ergebnisse nisse der GeLCMSMS-Ana
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5 Ergebnisse wicht des nach der Zel
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5 Ergebnisse Abbildung 5.16: Prozen
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5 Ergebnisse Abbildung 5.17: Darste
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5 Ergebnisse Viele der differentiel
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5 Ergebnisse exprimiert. Darunter d
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5 Ergebnisse 5.3.1 Analyse der zyto
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5 Ergebnisse Tabelle 5.27: Übersic
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5 Ergebnisse nillin induzierten Pro
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5 Ergebnisse unter Glucose spricht
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5 Ergebnisse KT2440 zu. Die Tatsach
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5 Ergebnisse PP_3739 zeigte bei ein
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5 Ergebnisse portsystems identifizi
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5 Ergebnisse Lipid-Metabolismus Im
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5 Ergebnisse in unseren Experimente
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5 Ergebnisse Abbildung 5.32: Quanti
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Seite 252 und 253: Literatur Alban, Andrew, Stephen Ol
Seite 254 und 255: Literatur Chattopadhyay, Ava, Karin
Seite 256 und 257: Literatur bp inverted repeat sequen
Seite 258 und 259: Literatur Inui, Masayuki, Masako Su
Seite 260 und 261: Literatur Lovric, Josip (2011). Int
Seite 262 und 263: Literatur comparative analysis of t
Seite 264 und 265: Literatur coding three quinoprotein
Seite 266 und 267: Literatur Schmidt, Alexander, Josef
Seite 268 und 269: Literatur Toyama, Hirohide, Zhi-Wei
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Seite 276: Anhang Alle Tabellen und Abbildunge
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