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5 Ergebnisse Abbildung 5.32: Quantitative Analyse der Metabolite Vanillin, Vanillinsäure, Protocatechuat, Vanillylalkohol und 4-Hydroxybenzoat. A) Analyse der Referenzsubstanzen B) Messung der Metaboliten im zellfreien Medium nach 2, 6 und 12 h. 176
5.4 Untersuchungen zum Metabolismus von Terpenen Geschwindigkeit der von VanA/VanB katalysierten Reaktion beeinflussen. Einige Proteine, die an der Eliminierung von Formaldehyd in P. putida KT2440 beteiligt sind (Roca et al., 2008), wie ein „Format Dehydrogenase Family Accessory Protein“ (FdhD, PP_0257), eine „Molybdopterin Oxidoreduktase“ (PP_0256), eine „D-Isomer Specific 2-Hydroxyacid Dehydrogenase“ (PP_1616) und eine „S-Formylglutathione Hydrolase“ (PP_1617) waren in Gegenwart von Vanillin ebenfalls induziert. 5.4 Untersuchungen zum Metabolismus von Terpenen In Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe Jendrossek (Institut für Mikrobiologie, <strong>Universität</strong> Stuttgart) wurde der Abbau von Citronellol und Citronellsäure in Pseudomonas aeruginosa PAO1 untersucht. Als Kontrollen dienten auf Glucose und auf Oktansäure kultivierte Zellen. Die Verwendung von Oktansäure sollte dabei Aufschluss über Unterschiede im Metabolismus unverzweigter und verzweigter Fettsäuren geben. Wie bereits bei den vorherigen Versuchen erfolgte die Analyse in Triplikaten (drei biologische Replikate pro Zustand). Die Anzucht, der Aufschluss, sowie die Gelelektrophorese wurden von der Arbeitsgruppe Jendrossek durchgeführt, werden aber hier im Hinblick auf die Interpretation der Ergebnisse kurz beschrieben. Generell wurde das Wachstum der Bakterien nicht wie bei den übrigen Experimenten mittels einer OD 600 Messung verfolgt, sondern über ein Klett-Summerson Photoelectricolorimeter. Angaben zum Bakterienwachstum beziehen sich daher stets auf Klett-Summerson Einheiten. Die Kultivierung der Zellen unterschied sich zudem von der in den übrigen Experimenten verwendeten Methode. So wurden die Zellen über Nacht (16 h) in 100 ml Minimalmedium mit 0,15% Oktansäure als Kohlenstoffquelle kultiviert. Die Hauptkulturen wurden auf 15 Klett- Einheiten angeimpft und in 200 ml Minimalmedium mit den unten genannten Kohlenstoffquellen kultiviert. Die Ernte der Zellen erfolgte bei 200 Klett-Einheiten durch Zentrifugation. Als Kohlenstoffquellen in den Hauptkulturen kamen folgende Substanzen zum Einsatz: 0,1% Citronellol + 0,05% Oktansäure, 0,1% Citronellsäure + 0,05% Oktansäure, 0,1% Oktansäure und 0,4% Glucose. Eine zweite Lag-Phase welche laut Nadine Walter (Walter, 2012) in den Wachstumskurven von Citronellol + Oktansäure sowie Citronellsäure + Oktansäure zu erkennen war, deutet auf eine Umstellung das Stoffwechsels auf die jeweils zweite Kohlenstoffquelle hin. Zum Zeitpunkt der Ernte (200 Klett) wurde von einer kompletten Umstellung des Metabolismus der Bakterien auf das jeweilige zweite Substrat (Citronellol, Citronellsäure) ausgegangen. Der Aufschluss der Zellen erfolgte (ohne Detergenzien) in einer French-Press (Walter, 2012). Membran und Zellwandfrag- 177
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Quantitative Proteomanalyse von Pse
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Veröffentlichungen Ein Teil der Er
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Inhaltsverzeichnis 4.2.3 Kultivieru
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Inhaltsverzeichnis 5.3.2 Analyse de
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Abbildungsverzeichnis 3.1 Oxidation
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Abbildungsverzeichnis 5.39 Einteilu
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Tabellenverzeichnis 5.16 Differenti
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1 Zusammenfassung Induktion der Fet
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2 Summary The main focus of this wo
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3 Einleitung 3.1 Systembiologie in
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3 Einleitung 1948). Beide Autoren b
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3 Einleitung schritt im Bereich der
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3 Einleitung Abbildung 3.2: Glyoxyl
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3 Einleitung verschiedener Mechanis
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3 Einleitung Pyruvat zu Acetaldehyd
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3 Einleitung Wie auch bei der Herst
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3 Einleitung Pseudomonas putida KT2
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3 Einleitung schwierig. Substanzen,
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3 Einleitung werden die Zeit und da
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3 Einleitung definierten Massenbere
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3 Einleitung 3.3.4 Proteinidentifiz
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3 Einleitung Silberfärbung überle
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3 Einleitung 3.3.7 Labelfreie masse
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3 Einleitung 3.3.8 Selected reactio
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3 Einleitung weiter zu erhöhen, is
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4 Material und Methoden 4.1 Verwend
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4 Material und Methoden Tabelle 4.3
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4 Material und Methoden Bezeichnung
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4 Material und Methoden Medium Zusa
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4 Material und Methoden 4.5.2 Ident
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4 Material und Methoden Tabelle 4.1
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4 Material und Methoden 4.5.3.1 bes
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4 Material und Methoden Abbildung 4
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4 Material und Methoden getrennt. D
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5 Ergebnisse Abbildung 5.1: Durchf
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5 Ergebnisse pH-Gradienten lediglic
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Position der beiden Sp
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5 Ergebnisse Differenzielle Regulat
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5 Ergebnisse Für die quantitative
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5 Ergebnisse Porin (PP_2662) und ei
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5 Ergebnisse Abbildung 5.4: Einteil
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5 Ergebnisse Abbildung 5.6: Postuli
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5 Ergebnisse Abbildung 5.7: Unter G
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5 Ergebnisse 5.2 Untersuchungen zum
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5 Ergebnisse ausgesetzt. Grundlage
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5 Ergebnisse vorherigen Experiment
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5 Ergebnisse Locus-Tag Gen Protein
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5 Ergebnisse nicht bekannt. Auch in
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5 Ergebnisse 5.2.2 Transkriptom- un
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5 Ergebnisse Da nicht alle Kultivie
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5 Ergebnisse nisse der GeLCMSMS-Ana
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5 Ergebnisse wicht des nach der Zel
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5 Ergebnisse Abbildung 5.16: Prozen
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5 Ergebnisse Abbildung 5.17: Darste
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5 Ergebnisse Viele der differentiel
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5 Ergebnisse Abbildung 5.19: Regula
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Seite 144 und 145: 5 Ergebnisse Locus-Tag Gen Protein
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Seite 158 und 159: 5 Ergebnisse 5.3.1 Analyse der zyto
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6 Diskussion Wie bereits in den üb
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Literatur Alban, Andrew, Stephen Ol
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Literatur Chattopadhyay, Ava, Karin
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Literatur bp inverted repeat sequen
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Literatur Inui, Masayuki, Masako Su
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Literatur Lovric, Josip (2011). Int
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Literatur comparative analysis of t
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Literatur coding three quinoprotein
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Abkürzungsverzeichnis CE DC GeLCMS
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Eidesstattliche Versicherung Eidess
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Anhang Alle Tabellen und Abbildunge
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