Dokument 2.pdf - OPUS-Datenbank - Universität Hohenheim

4 Material und Methoden
Abbildung 4.3: Berechnung der Peptid-Wahrscheinlichkeit in Scaffold.
Die Peptid-Wahrscheinlichkeit ergibt sich aus dem Quotienten der Wahrscheinlichkeit einer
korrekten Identifizierung bei einem gegebenen „Discrimination-Score“ und der Gesamtwahrscheinlichkeit
dieses Scores. (gepunktete Linie): 80% Peptid-Wahrscheinlichkeit (aus Scaffold-
Software, Keller et al. 2002)
4.5.5 Datenanalyse und Annotierung
Die aus Scaffold exportierten Ergebnisse wurden zusätzlich mit Metadaten aus der
„Pseudomonas Genome Database“ (www.pseudomonas.com) vervollständigt (Winsor
et al., 2011). Diese Datenbank fasst Informationen zu verschiedenen Pseudomonaden
aus unterschiedlicher Datenbanken (Psort, COG, etc.) zusammen. Die für diese Arbeit
relevanten Daten wurden über ein in Python (www.python.org) geschriebenes Skript
ausgelesen und mit den aus der Proteinquantifizierung erhaltenen Daten kombiniert (s.
Anhang 4.5.5). Dies ermöglichte eine Zuordnung der identifizierten und quantifizierten
Proteine zu einzelnen subzellulären Kompartimenten sowie die funktionelle Klassifizierung
dieser Proteine. Darüber hinaus wurden die Proteindaten um Informationen zu
den zugrundeliegenden Genen sowie den vorhergesagten Molekulargewichten und den
isoelektrischen Punkten ergänzt.
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