Points saillants de la recherche canadienne sur les bovins laitiers ...

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Génétique
Sélection de polymorphismes mononucléotidiques et
qualité des génotypes utilisés pour l’évaluation génomique
des bovins laitiers aux États-Unis et au Canada
Journal of Dairy Science, juillet 2009, Volume 92, Nombre 7, pages 3431-3436
Corresponding Author
Wiggans, G.R.
USDA Beltsville Agricultural
Research Service
Collaborators
Sonstegard, T.S.
USDA Bovine Functional Genomics
Laboratory
VanRaden, P.M.
USDA Beltsville Agricultural
Research Service
Matukumalli, L.K.
George Mason University
Schnabel, R.D.
University of Missouri
Taylor, J.F.
University of Missouri
Schenkel, F.S.
University of Guelph
Van Tassell, C.P.
USDA Bovine Functional Genomics
Laboratory
La détermination de la séquence des nucléotides de l’ADN dans
l’ensemble du génome bovin a mené à la mise au point d’une méthode
de génotypage basée sur l’utilisation de la puce Illumina BovineSNP50
BeadChip (IBB). La puce IBB peut déterminer les allèles d’un animal
sur près de 57 000 locus de polymorphisme mononucléotidique (SNP)
– ces emplacements dans la séquence où l’on peut trouver un autre
nucléotide. Cependant, les SNP ne sont pas tous utiles à l’évaluation du
génome. Cette étude avait pour but de déterminer les SNP non utiles
ou non fiables afin de les éliminer des futures analyses et de simplifier
l’évaluation génomique. La puce IBB a été utilisée pour le génotypage
de 10 690 taureaux et de 1 901 vaches. Un sous-échantillon formé de
5 503 taureaux dont le profil complet des SNP était connu a été choisi
pour déterminer quels SNP devraient servir à l’évaluation génomique.
Des 56 947 SNP caractérisés, 16 073 ont été supprimés, car ils ne
contribuaient pas de façon significative à l’exactitude de l’évaluation
génomique. Les 40 874 SNP choisis ont permis d’établir une base solide
pour prévoir le mérite génétique à partir du génome.
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