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I. 2. Ergebnisse
Tab. 1: Sequenzidentität unterschiedlicher nanos Zink-Finger
44
vs.
Schistocerca
NOS
Nasonia NOS Tribolium NOS
Drosophila NOS 48 % 57 % 46 %
Tribolium NOS 42 % 44%
Nasonia NOS 60 %
Gezeigt ist der Anteil identischer Aminosäuren der Zink-Finger-Domänen je
zweier NANOS-Proteine im Vergleich.
2.1.2. Tribolium pumilio
Auch ein pumilio-Ortholog konnte eindeutig im Tribolium-Genom identifiziert wer-
den (TC005073). Dieses Gen liegt in einem Bereich, der während der bioinformati-
schen Aufbereitung der Sequenzdaten des Genomsequenzierungsprojekts nicht
eindeutig einer Komplementationsgruppe zugeordnet werden konnte. Allerdings liegt
das gesamte Gen innerhalb eines so genannten Contigs, wird also nicht durch Lü-
cken in der Genomsequenz unterbrochen. Sowohl die automatische Annotierung des
NCBI als auch die des HGSC postulieren Genmodelle für pumilio, welche sich aller-
dings hinsichtlich der 5’ liegenden Exons und des Translationsstarts unterscheiden.
Die von NCBI vorhergesagte kodierende Region beginnt innerhalb des fünften
GLEAN-Introns mit einem ATG 33 bp 5’ des sechsten GLEAN-Exons. Das GLEAN
Modell (GLEAN_05073) ist somit um 5 Exons, genauer gesagt 1026 bp bzw. 342 AS,
länger als die NCBI Annotation (XP_967865) und wird durch Sequenzvergleiche mit
PUMILIO-Proteinen anderer Spezies etwas besser unterstützt (nicht gezeigt). Für
diese Arbeit sind die Diskrepanzen aber unerheblich, da für sämtliche Experimente
ein Gen-Fragment verwendet wurde, das für den bestkonservierten Bereich des
Proteins, die von den Unterschieden unberührte Puf-Domäne, kodiert (Gabbrielli,
1957; Zamore et al., 1997; Edwards et al., 2001; Wang et al., 2001). Die 887 bp
dieses Fragments liegen innerhalb der Exons 11 bis 14. Das GLEAN Modell postu-
liert für das pumilio-Gen 14 kodierende Exons, die in ein Protein mit einem Moleku-
largewicht von angenommenen 120,9 kDa translatiert werden. Die hoch konservierte
Puf-Domäne besteht aus acht sich wiederholenden Einheiten und liegt am C-
terminus zwischen His764 und Lys1047. Die Aminosäureidentität zwischen Tribolium
und Drosophila in diesem Bereich liegt bei 87%, und auch die Ähnlichkeit zu Ortho-
logen phylogenetisch weiter entfernterer Spezies ist sehr hoch (Abb. 6 B). Die Puf-