Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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Ausgehend von den Sequenzdaten konnte innerhalb der Ovalbumin ein eindeutiges
Fragment identifiziert werden, das eine Länge von neun Aminosäuren hat. Eine Suche
mittels des FASTA – Algorithmus in den gängigen SRS – Protein Datenbanken mit die-
sem Fragment ergaben, dass es eindeutig der Ovalbuminsequenz zugeordnet werden
kann. Weitere Treffer der FASTA - Suche wurden nur in Prokaryonten gefunden.
Insgesamt konnten sechs Aminosäuren über eine Sequenzlänge von zehn Aminosäuren
durch die Poolsequenzierung bestimmt werden. Ausgehend von dieser Sequenzinforma-
tion wurde versucht, die Schnittstelle den bekannten endo- / lysosomalen Proteinasen
zuzuordnen, soweit deren Sequenzspezifität ermittelt wurde. Die Tab. 12 gibt die Sub-
stratspezifität von bekannten endo- / lysosomalen Endoproteinasen wieder [129]. Die
Sequenz zeigt jedoch keine Übereinstimmung zu Substraterkennungs- – Sequenzen von
bekannten Proteinasen. Es kann aufgrund des Sequenzmusters davon ausgegangen
werden, das eine andere als die oben aufgeführten Proteinasen für den Schnitt verant-
wortlich ist.
ASP13-VAL14-PHE15-LYS16-GLU17-LEU18-LYS19-VAL20-HIS21-HIS22
Abb. 25 Ergebnis der Edmann - Sequenzierung
Substratspezifität
Positionen P4 — P3 — P2 — P1 -|- P1´ — P2´
OVA-Sequenz GLU — PHE — CYS — PHE — ASP — VAL
Kathepsin D XX — XX — HP — HP — HP — CH
Kathepsin E PRO — XX — XX — HP — HP — XX
Kathepsin L XX — XX — HP — XX — XX — XX
Kathepsin S XX — XX — HP — XX — XX — XX
Tab. 14 Substratspezifität von endo-/lysosomalen Proteinasen
P ist die Aminosäureposition relativ zur Schnittstelle, die zwischen P1-P1´liegt. HP =
hydrophobe Aminosäuren, CH = geladene Aminosäuren. Kathepsin D und L haben an der
Position P2 eine Präferenz für Leucin oder aromatische Aminosäuren. Kathepsin S zeigt an
der Position P2 eine Spezifität für verzweigte aliphatische Aminosäuren und Methionin.
Das Molekulargewicht des FITC-OVA nach dem ersten Schnitt ergibt ein Fragment mit
einem Molekulargewicht von ca. 40 kD. Da außer dem N-Terminus keine FITC – Kopp-
lungsstellen abgespalten werden, müsste das Molekulargewicht des Fragmentes ca. 46
kD betragen. Da in der SDS – PAGE ein Molekulargewicht von 40 kD ermittelt wurde, ist
ein weiterer Schnitt bei einer Aminosäure – Position um 300 zu erwarten. In diesem Se-