Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Ergebnisse Seite 123
3.2.4 Potentielle Energie der RT1.B l – Peptid Komplexe
Von den generierten RT1.B l – Peptid Komplexen wurde mit Hilfe des Programms Analyze
die potentielle Energie berechnet. Dies sollte Aufschluss über die Energetik der Komple-
xe vor und nach der Energieminimierung geben. Zudem könnte die Bindungsaffinität
Abb. 38 Potentielle Energie der RT1.B – Peptid Komplexe vor und nach
Energieminimierung
der Peptid – Liganden zu den MHC Klasse II – Molekülen einen starken Einfluss auf die
Energetik der Komplexe haben. Zum Vergleich wurde die potentielle Energie des I-A k –
HEL50-62 – Komplexes berechnet. Im Gegensatz zu den errechneten Modellen sind in die-
ser Struktur jedoch zusätzlich Wassermoleküle und Zuckerreste enthalten.
Alle RT1.B l – Moleküle zeigten nach der Energieminimierung eine deutliche Abnahme der
potentiellen Energie. Alle Moleküle zeigten eine Energie von ca. –14.000 Kcal/mol, Der
Unterschied zwischen dem leeren RT1.B l – Molekül und dem RT1.B l – CLIP Komplex be-
trug ca. 1.000 Kcal/mol. Die Differenz zwischen dem RT1.B l –CLIP–Komplexunddem
RT1.B l – CLIPm – Komplex betrug 200 Kcal/mol. Das RT1.B l – OVA – Modell zeigte dage-
gen eine potentielle Energie nach Minimierung von –13.811 Kcal/mol.
Gegenüber den minimierten RT1.B l – Modellen hatte die Röntgenstruktur des I-A k –
HEL50-62 - Komplexes eine deutlich höhere potentielle Energie von –9.888 Kcal/mol. Dies
ist möglicherweise auf die in der Koordinatendatei vorhandenen Wassermoleküle zu-
rückzuführen, die nicht immer in der optimalen Orientierung vorliegen oder Kristallisa-
tions – Artefakte darstellen.