Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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Auch bei der β - Kette ist die Immunglobulindomäne stark konserviert. Die Bindungs-
grube zeigt starken Polymorphismus, besonders bei den Faltblättern. Die erste Helix ist
dagegen stark konserviert. Auffällig sind zwei Deletionen bei H2-I-A- und RT1B-
Molekülen. Diese Deletionen liegen in helicalen Bereichen. Besonders auffällig ist der
Austausch der AS 61 von Tryptophan zu Phenylalanin. Das Tryptophan 61 zeigt in den
aufgelösten Strukturen stets in die Bindungsgrube und geht mit der Imidazol - Gruppe
eine Wasserstoffbrückenbindung mit der Peptid - Backbone ein. Die anderen polymor-
phen Positionen sind homologe Austausche. Das Alignment der β - Ketten zeigt zudem
deutlich die Unterschiede zwischen beiden Allelen sowie die hohe Homologie von RT1.B l
und H2-I-A k.
Beide Alignments zeigen, dass als Templates für das komparative Modelling des RT1.B-
Komplexes nur die murinen H2 -I-A Komplexe in Frage kommen, da es gegenüber den
HLA – DR und H2 –I-E Haplotypen Insertionen in der α - und Deletionen in der β - Kette
gibt, die in der Bindungsgrube lokalisiert sind.
3.2.2 Komparatives Modelling des RT1.B – Komplexes
Ausgehend vom Alignment der Sequenzen von den Strukturen mit den PDB – Codes
1IAO, 2IAD, 1IAK und der RT1.B l - Sequenz wurde mit dem Programm Modeller 4 ein
komparatives Molecular Modelling durchgeführt. In einer ersten Phase wurden Modelle
ohne Optimierungen errechnet, um die Qualität des Alignments zu überprüfen. Die Mo-
delle wurden sowohl durch optische Visualisierungen mit RASMOL als auch mit PRO-
CHECK überprüft. Während dieser Phase wurde das Alignment von Hand angepasst, da
das Programm Modeller 4 beide Ketten der Moleküle nur als eine Sequenz mit einem
Trennzeichen akzeptiert. Als besonders problematisch erwiesen sich die N- und C - Ter-
mini der Sequenzen, da es hier die größten Unterschiede in den Sequenzlängen gibt. Es
zeigte sich, dass die Qualität des Molekülmodells entscheidend vom Sequenzalignment
abhängt. Besonders empfindlich reagiert der Algorithmus von Modeller 4 auf Insertionen
bzw. Deletionen. Dies wurde deutlich, als die Struktur 1DLH (HLA-DR) zusätzlich zum
Alignment aufgenommen wurde. Ebenso zeigte sich, dass die errechneten Moleküle eine
Verbesserung in der Strukturgeometrie aufwiesen, wenn drei Templates ausgewählt
wurden. Nachteilig war jedoch, dass die Rechenzeit mit jedem zusätzlichen Template ex-
ponentiell anstieg. Nach der initialen Phase wurden mehrere Modelle mit voller Optimie-
rung gerechnet. Nach Vergleich der stereochemischen Eigenschaften mit PROCHECK