Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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Diskussion Seite 151 gumain [34]. Auch eine Abspaltung von Di- und Tripeptiden durch Exopeptidasen ist vorstellbar. Hier ist besonders Kathepsin H zu erwähnen, da dessen Expression durch Stimulation mit γ-InterferoninM∅heraufreguliert wird [185].
Diskussion Seite 152 4.3 „Molecular Modelling“ -Methoden Das komparative Protein – Modelling nutzt experimentell ermittelte Proteinstrukturen als „Templates“ um die Konformation eines anderen, sogenannten „Target“ - Proteins mit homologer Aminosäuresequenz vorauszusagen [186]. Diese Annäherung ist möglich, da eine kleine Änderung in der Sequenz normalerweise nur zu kleinen Änderungen in der dreidimensionalen Struktur führt [187]. Die Molecular Modelling Programme beruhen zur Zeit auf newtonschen Algorithmen. 4.3.1 Klassische Mechanik beim Molecular Modelling Systeme auf atomarer Ebene gehorchen im allgemeinen mehr den Gesetzen der Quan- ten- als den der klassischen Mechanik. Demzufolge müsste stets die Schrödinger - Glei- chung für solche Systeme gelöst werden. Dies ist zur Zeit nur für wenige Atome und de- ren Elektronen möglich. Daher wird als Näherung stets ein klassischer Ansatz gewählt. In der newtonschen Mechanik kann ein Partikel jede Energie aus einem Kontinuum von Energiewerten annehmen. In der Quantenphysik ist die Energie dagegen gequantelt und kann nur diskrete Energiewerte annehmen. Bei sehr niedrigen Temperaturen sind die Abstände zwischen den einzelnen, diskreten Energien größer als die thermische Energie. Daher kann das System bei diesen Temperaturen nur wenige Zustände einnehmen. Mit steigender Temperatur werden immer mehr Zustände thermisch erreichbar. Die „Dis- kretheit“ der einzelnen Zustände wird dabei immer unschärfer und das System verhält sich nach klassischen Gesetzen [188]. Für einen klassischen Oszillator sind die gequantelten Energien separiert durch ΔE=hf mit h als Plank´sche Konstante und f als die Frequenz der harmonischen Schwingun- gen. Klassisches Verhalten wird erreicht bei Temperaturen für die kBT >>hfmitkB als Boltzmann – Konstante und kBT = 0,6 kcal/mol bei 300 K. Setzt man hf = 0,6 kcal/mol so ergibt sich f = 6,25/ps. Damit ist für Bewegungen mit charakteristischen Zeiten von ps oder länger bei Raumtemperatur die klassische Mechanik als Approximation ausrei- chend.
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