Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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gen werden auch zahlreiche Wasserstoffbrückenbindungen zwischen MHC Klasse II –
Molekül und Peptid ausgebildet. Diese wurden mit dem Programm Contact ausgerech-
net.
Besonders intensive Kontakte in Form von Wasserstoffbrücken – Bindungen mit dem
RT1.B l – Molekül werden von den Aminosäuren SER88, ARG91, THR94, LEU96 und
ARG99 ausgebildet. Die einzigen Aminosäuren des Peptides, die keine Wasserstoffbrü-
cken – Bindungen mit dem RT1.B l – Molekül ausbilden, sind die Aminosäure MET92
und LEU97. Van der Waals – Kontakte werden von allen Aminosäuren des CLIP – Pepti-
des ausgebildet (Tab. 19). In der Abb. 41 ist eine graphische Repräsentation der Wech-
selwirkungen des Peptides mit dem RT1.B l Molekül dargestellt. Hier sind zusätzlich hyd-
rophobe Kontakte dargestellt.