Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Ergebnisse Seite 131
dungen mit dem RT1.B l – Molekül ein. Weiterhin geht das CLIPm – Peptid im Bereich der
AS88-90 mehr hydrophobe Wechselwirkungen ein als CLIP.
3.2.9 Analyse der Wechselwirkungen zwischen RT1.B l und HEL50-62
Die Analyse der Wechselwirkungen zwischen RT1.B l und HEL50-62 sollte aufzeigen, ob die
prinzipiellen Kontaktstellen des HEL – Peptides mit I-A k auch im RT1.B l – Molekül vor-
handen sind. Zudem konnte so überprüft werden, ob die errechneten Modelle ein ähnli-
AS Atom Wasserstoff-
Brücke
van der waals Kontakte
SER50 N THR α52 O, GLN α50 O, LEU α51 O SERβ85, PHEα48
O GLYα49, THRα52,GLNα50, LEUα51
OG LEU α51 O, SER β85 OG HISβ81, GLNα50,GLYβ84A
THR51 N HISβ81, LEUα51, SERβ85
O SERα53, SERβ85
ASP52 N SER α53 O ASPα55, ASNβ82, SERα53, SERβ85
O ASPα55, HISα24, ASNβ82, SERα53
OD1 HIS β81 NE2, SER β85 OG ASNβ82, HISβ81, SERα53, LEUα51, ASNβ82
OD2 SER α53 N ASNβ82, HISβ81, SERα53, LEUα51, ASNβ82
TYR53 N ASN β82 OD1 HISα24, ASNβ82, VALβ78, SERα53
O HIS α24 NE2, ASN β82 ND2 TYRα9, GLYα9A, VALβ78
OH THRβ77, HISβ81
GLY54 N TYRα9, HISα24, ASNβ82,
O GLUβ74, TYRα9,
ILE55 N TYR α9 O GLUβ74
O ASNα62, GLUβ74, GLYα9A, TYRα9
LEU56 N GLU β74 OE2 ASNα62
O GLN β70 NE2 TYRβ47, THRβ71, TYRβ30, ASNα62, GLUβ74
GLN57 N GLNβ70, TYRβ30, ASNα62, GLUβ74
O ASNα69, TYRβ30, ASNα62
OE1 ASN α69 ND2 ASNα69, TYRβ9, ASNα62
NE2 ASN α62 O ASNα69, GLNα61
ILE58 N TYR β30 OH TYRβ47, GLNβ70, ASNα69
O ASNα69, TYRβ9, TYRβ37
ASN59 N ASNα69
O TYRβ67, HISα68, ASNα69
OD1 ASNα69, ILEα65, GLNα61
ND2 GLNα61
SER60 N ASN α69 OD1 HISα68, SERβ57
O HIS α68 NE2 ASNα69
OG SER β57 OG ARGα76, SERβ57, ASNα69, TYRβ9, TYRβ37
ARG61 N PROβ56, HISα68, SERβ57, ASNα69
O PROβ56, HISα68, SERβ57, ASNα69
NE GLUβ59, PROβ56
NH1 GLU β59 OE2 LYSβ63, GLNβ64, PROβ56
NH2 GLU β59 OE2, PRO β56 O LYSβ63, ARGβ55
TRP62 N ÂRGα76
O ARG α76 NH2 PROβ56, ARGα76, SERβ57
NE1 LYSα75
OXT ARG α76 NE ILEα72, ARGα76
Tab. 21 RT1.B l –HEL50-62 Wechselwirkungen
ches Kontaktnetzwerk aufbauen wie die Referenzstruktur (Tab. 21)