Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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schematische oder detaillierte Zeichnungen von Molekülen erstellen. Das Programm eig-
net sich besonders für die Darstellung von Sekundärstrukturen in Proteinen und deren
räumlicher Anordnung zueinander. im Gegensatz zu den interaktiven Programmen wie
RASMOL oder VMD wird MolScript mittels einer Skriptsprache gesteuert. In einem
Skriptfile wird die Darstellungsweise einzelner Molekülbereiche explizit festgelegt. Mit
Hilfe des Programms MolAuto lassen sich aus PDB – Dateien erste Skripte automatisch
ableiten [112].
2.9.1.5 ClustalX 1.8
ClustalX ist ein leistungsfähiges Programm, um multiple Sequenzalignments durchzu-
führen. Im Gegensatz zu seinen Vorgängern verfügt es über eine graphische Benutzer-
oberfläche, welche die Bedienung erheblich vereinfacht. Zudem ist eine Ausgabe von
Verwandtschaftsdaten möglich, die mit dem Programm Treeview graphisch dargestellt
werden können [113].
2.9.2 Molecular Modelling Programme
2.9.2.1 Modeller 4
Modeller 4 ist eine Implementierung eines automatischen, komparativen „Molecular Mo-
delling“ Programms. Der Kernalgorithmus beruht auf der Erfüllung von räumlichen Be-
schränkungen der zu modellierenden Struktur, die sich auf physikalische Gesetzmäßig-
keiten zurückführen lassen. Hierbei werden vor allem sterische Hinderungen berück-
sichtigt. Die „Modelling“ – Prozedur beginnt mit einem Alignment der zu modellierenden
Struktur (Target) mit verwandten, aufgelösten 3D – Strukturen (Templates). Dieses A-
lignment ist die Eingabe des Programms, die Ausgabe ist die modellierte 3D – Struktur
mit allen Hauptketten- und Seitenkettenatomen mit Ausnahme von Wasserstoffatomen.
Das Programm lässt sich durch eine flexible Skriptsprache namens TOP steuern, dabei
kann jeder grundlegende Parameter einstellen. Nachteilig ist der hohe Hauptspeicherbe-
darf des Programms (min. 90 MB) sowie die lange Programmlaufzeit, die je nach Opti-
mierungsstufe oft mehrere Stunden beträgt. Zudem zeigt sich das Programm gegenüber
dem Alignment äußerst empfindlich. So führen bereits Abweichungen von nur einer A-
minosäure im Alignment zu falschen Ergebnissen[114].