Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Diskussion Seite 157
konformelle Unterschiede [134]. Eine strukturelle Grundlage für die SDS – Instabilität
konnte auch bei den RT1.B l – Molekülen nicht gefunden werden.
Ein Vergleich des RT1.B – CLIP Komplexes mit der CLIP – Mutante zeigte, dass sich der
einzelne Austausch einer Aminosäure auf die gesamte Bindung des Peptides auswirkt.
Dies deutet daraufhin, dass es bei den RT1.B l – Molekülen einen induced – fit Mecha-
nismus gibt. Nicht nur das Peptid zeigt konformelle Änderungen, sondern auch das
RT1.B l – Molekül. So zeigen sich deutliche Unterschiede in der Ausbildung von Wasser-
stoffbrücken – Bindungen. Zudem werden auch andere van der Waals –Kontakteaus-
gebildet. Besonders signifikant sind die Unterschiede am Carboxyterminus und im Be-
reich um die ausgetauschte Aminosäure. Dies ist zum Teil darauf zurückzuführen, dass
sich das mutierte Peptid bei den Seitenketten anders faltet. Die geringere Bindungsaffi-
nität des CLIPm88-100 ist möglicherweise auf die geringere Zahl der Wasserstoffbrücken -
Bindungen des CLIP - SER88 mit dem RT1.B l - Molekül zurückzuführen. Ähnlich wie
das zu HLA – DR gering affine humane CLIP liegt das CLIPm tiefer in der Bindungsgrube
als CLIP [134]. Besonders das N – terminale PRO100 geht zahlreiche Wasserstoffbrü-
cken – Bindungen mit dem RT1.B l – Molekül ein.
4.4.2 Vergleich des I-A k – HEL und RT1.B – HEL – Komplexes
Die RT1.B l – Peptid – Komplexe wurden durch komparatives Modelling mit dem I-A k –
Molekül abgeleitet. Daher ist eine große Ähnlichkeit der Moleküle untereinander zu er-
warten. Ein Konformationsvergleich der beiden Moleküle konnte diese Erwartung bestä-
tigen.
Beide Moleküle gehen ähnliche Kontakte mit dem HEL50-52 – Peptid ein, besonders im
Bereich der konservierten Aminosäuren. Es ist daher zu erwarten, dass das RT1.B l –
Molekül ein ähnliches Bindungsmotiv ausbildet wie das I-A k – Molekül. So bilden beide
eine ähnliche Anzahl an Wasserstoffbrückenbindungen aus. Das HEL – Peptid ist jedoch
nur als low-Binder für RT1.B l beschrieben [153], für I-A k jedoch als High-Binder [137].
Ähnlich wie bei den beiden CLIP- Peptiden ist auch hier keine direkte strukturelle Basis
für das unterschiedliche Bindungsverhalten zu erkennen.
Bei den bisherigen Betrachtungen über die Bindungsaffinität der einzelnen Peptide wur-
den die H2O – Moleküle außer acht gelassen. Die Kristallstruktur des I-A k –Moleküls
zeigt, dass zahlreiche Peptid – MHC Klasse II – Interaktionen durch Wassermoleküle