Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Inhaltsverzeichnis Seite iv
3.2.1.2 Sequenzvergleich der aufgelösten Strukturen mit RT1B – Sequenzen 107
3.2.2 Komparatives Modelling des RT1.B – Komplexes 110
3.2.2.1 Peptidbindungsgrube des RT1.B l Moleküls 114
3.2.3 Docking von Peptiden in die Bindungsgrube des RT1.B l – Modells 118
3.2.3.1 Docking von Peptiden mit Hilfe von AutoDock 3 118
3.2.3.2 Docking von Peptiden in der Bindungsgrube des RT1.B l – Moleküles mit Hilfe
des Programmes Modeller 4 120
3.2.4 Potentielle Energie der RT1.B l – Peptid Komplexe 123
3.2.5 Konformationsvergleich des I-A k -HEL50-62 und RT1.B l 3.2.6
-HEL50-62 – Komplexes
Konformationsvergleich des RT1.B
124
l -CLIP und RT1.B l -CLIPm – Modells 125
3.2.7 Molekulare Kontakte zwischen dem RT1.B Molekül und dem CLIP-Peptid 126
3.2.8 Intermolekulare Wechselwirkungen zwischen RT1.B l und CLIPm 129
3.2.9 Analyse der Wechselwirkungen zwischen RT1.B l und HEL50-62 131
3.2.10 Van der Waals und Wasserstoffbrücken – Kontakte von OVA323-335
RT1.B
mit dem
l – Molekül 133
3.2.11 Vergleich der Anzahl der intermolekularen Wechselwirkungen der vier
untersuchten Peptide mit dem RT1.B l - Molekül 135
4. Diskussion 138
4.1 Technische Limitationen des in vivo Testsystems 140
4.1.1 Nachweis der markierten Proteine 140
4.1.2 Trennung der komplexen Zellsolubilisate in der Gelelektrophorese 141
4.1.3 Solubilisierungsbedingungen der Modellantigen – gepulsten Zellen 143
4.2 In vivo Prozessierung von FITC – OVA 144
4.2.1 Persistenz von FITC – OVA in KMM∅ 144
4.2.2 Abbaukinetik von FITC – OVA in KMM∅ und DC 146
4.2.3 Einfluß von Proteinase - Inhibitoren auf die Prozessierung von FITC-OVA 147
4.2.4 Gezielte Inhibition von endo- /lysosomalen Proteinasen 149
4.2.5 Sequenzierung des intrazellulär generierten FITC-OVA 40 kD – Fragmentes 150
4.3 „Molecular Modelling“ -Methoden 152
4.3.1 Klassische Mechanik beim Molecular Modelling 152
4.3.2 Molecular Modelling Algorithmen 153
4.3.3 Qualität der komparativen Modelling Methoden 153
4.3.4 Docking von Peptiden in das RT1.B – Molekül 154
4.4 Bindung von Peptiden an das RT1.B l – Molekül 156
4.4.1
4.4.2
Vergleich der Bindung von CLIP88-100 und CLIPm88-100
Vergleich des I-A
156
k –HELundRT1.B–HEL–Komplexes 157
4.4.3 Analyse des RT1-B l – OVA323-335 Komplexes und hypothetischer Wirkmechanismus
5.
von DM 158
Literatur 160