Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Ergebnisse Seite 114
MOLSCRIPT zeigt, dass das errechnete Molekül über eine hohe strukturelle Homologie
zu den aufgelösten MHC Klasse II 3D-Strukturen verfügt.
3.2.2.1 Peptidbindungsgrube des RT1.B l Moleküls
Ausgehend von diesen Ergebnissen konnte mit der Untersuchung der Bindungsgrube
begonnen werden. Hierzu musste zunächst die Nummerierung der Aminosäuren an den
durch die 1DLH Struktur vorgegeben Standard angepasst werden. Die PDB - Datei wur-
de mit Hilfe der CCP4-Programmsuite so angepasst, dass sowohl die Insertion in der α -
Kette als auch die beiden Deletionen in der β - Kette berücksichtigt wurden. Ferner wur-
den die Kettenbezeichner dem Standard angepasst. Die Verteilung der konservierten
und polymorphen Aminosäuren bestimmt im wesentlichen den Charakter der Bindungs-
grube. So sind in allen bisher aufgelösten Strukturen die konservierten Asparagine 62
und69inderα1-Helixund82inderβ1 - helicalen Region so positioniert, dass ihre γ -
Amidgruppe Wasserstoffbrückenbindungen mit der Hauptkette des gebunden Peptides
eingeht. Im Gegensatz zu den übrigen Strukturen ist das Tryptophan β61 im RT1.B l Mo-
lekül nicht konserviert, sondern gegen ein Phenylalanin ausgetauscht. Da die Imidazol -
Stickstoffgruppe somit wegfällt, kann an dieser Position keine Wasserstoffbrücke mit der
Peptid - Backbone ausgebildet werden. Etliche Kluster von polymorphen Aminosäuren
sind für die Peptid - Spezifität der unterschiedlichen MHC Klasse II Moleküle verant-
wortlich.
Der erste Kluster (α 31,52; β 86,89,90) ist für die Variabilität der Peptid - Seitenketten-
tasche P1 verantwortlich. Hier wird bei RT1.B l undH2I-A k/d eine polare Umgebung für
die Seitenkette aufgebaut. Drei weitere polymorphe Kluster finden sich drei, fünf und
zwischen sieben bis acht AS weiter entlang des gebundenen Peptides. Diese Kluster wer-
den aufgebaut von den Aminosäuren β 13,26,28,71,74,78; α 66, β 9, 11, 30 und β 37,
38, 58. In der Abb. 33 sind die konservierten und polymorphen Aminosäuren, die eine
wichtige Rolle bei der Peptidbindung ausüben, in einer Backbone - Darstellung der
Bindungsgrube gekennzeichnet. Bei dieser und den folgenden Abbildungen wird von o-
ben auf die Bindungsgrube geblickt. Seitenketten des Peptides, die vom T - Zellrezeptor
erkannt werden, sind in Richtung des Betrachters ausgerichtet.