Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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sowie Fehler in inkorrekt „alignten“ Regionen (z.B. Loops und längere Segmente mit
niedriger Sequenzidentität zu den Templates) [195].
Eine Konsequenz dieser Fehler ist, dass das komparative Modelling zu Modellen mit ei-
ner RMS – Abweichung von nur einem Angstroem von 90% der Hauptketten - Amino-
säuren führt, wenn eine mindestens 40%ige Identität der Targets zu den Templates vor-
liegt [195]. In diesem Bereich der Sequenzähnlichkeit ist ein korrektes Alignment ent-
scheidend für die Qualität der Modelle. Zudem sollten nicht zu viele Lücken und Inserti-
onen zwischen Templates und Targets bestehen. Die Differenzen zwischen den Referenz-
strukturen sollten sich auf Loops und Seitenketten beschränken. Mit höherer Identität
der Aminosäuren steigt die Qualität der Modelle weiter an. Typische Modellfehler und
inakkurat modellierte Regionen werden von den gebräuchlichen Evaluierungsmethoden
identifiziert [196].
Im Vergleich zu automatischen Alignmentmethoden werden bessere Modelle erzielt,
wenn das Alignment sorgfältig von Hand überprüft und editiert wird [190]. Beim Model-
ling der RT1.B l – Komplexe konnte festgestellt werden, das ein inkorrektes Alignment zu
falschen Modellen führt. So zeigten sich deutliche Verschiebungen in den Sekundär-
strukturen. Besonders kritisch war der Carboxy - Terminus des Moleküls, da die
Templates in diesem Bereich unterschiedliche Anfangspositionen hatten. Durch die In-
sertionen und Deletionen in den RT1.B l – Sequenzen gegenüber den HLA-DR und I-E –
Molekülen, konnten mit diesen Templates keine fehlerfreien Modelle generiert werden.
Dies war nur mit den murinen I-A – Strukturen als Referenz möglich. Hiermit konnten
weitgehend fehlerfreie Modelle generiert werden. Eine nachfolgende Energieminimierung
konnte die Qualität der Modelle weiter verbessern.
Insgesamt ergibt das Modelling Modelle, deren Qualität zwischen denen einer Röntgen-
strukturanalyse und einem NMR – Experiment liegt [190]. Aufgrund der hohen Sequenz-
identität zwischen RT1.B l und I-A k sowie der hohen Auflösung der Referenzstruktur 1IAK
von 1,9 Å sind die erzielten Ergebnisse für die gewünschte Fragestellung brauchbar.
4.3.4 Docking von Peptiden in das RT1.B – Molekül
Die besondere Herausforderung bei der Vorhersage von Protein – Ligand Komplexen liegt
darin, mittels rechnerischer Methoden Koordinaten für den gebundenen Komplex zu er-
mitteln. Hierbei sollen auch die Konformationsänderungen von Ligand und Rezeptor er-